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万見
- PDB-1vl9: Atomic resolution (0.97A) structure of the triple mutant (K53,56,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vl9
タイトルAtomic resolution (0.97A) structure of the triple mutant (K53,56,121M) of bovine pancreatic phospholipase A2
要素Phospholipase A2ホスホリパーゼA2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Alpha Helix (Αヘリックス) / Beta Sheet (Βシート) / Triple mutant / Calcium ion (カルシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / ホスホリパーゼA2 / bile acid binding / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / 細胞膜 / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ホスホリパーゼA2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Sekar, K. / Velmurugan, D. / Rajakannan, V. / Gayathri, D. / Poi, M.-J. / Tsai, M.-D. / Dauter, M. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Atomic resolution (0.97 A) structure of the triple mutant (K53,56,121M) of bovine pancreatic phospholipase A2.
著者: Sekar, K. / Rajakannan, V. / Gayathri, D. / Velmurugan, D. / Poi, M.J. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Tsai, M.D.
履歴
登録2004年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,64110
ポリマ－13,8171
非ポリマー8259
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.934, 23.863, 65.931
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 101.47, 90.0
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21A-399-

HOH

31A-419-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phospholipase A2 / ホスホリパーゼA2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / Group IB phospholipase A2


分子量: 13816.552 Da / 分子数: 1 / 変異: K53M, K56M, K121M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PLA2G1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00593, ホスホリパーゼA2

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非ポリマー , 5種, 252分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 50 mM Tris Buffer, 70% MPD reservoir,17-20Mg/ml prot,5 mM CaCl2 and 60% MPD in the droplet, pH 7.2, temperature 293.0K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→20 Å / Num. obs: 63929 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.82
反射 シェル解像度: 0.97→1 Å / Rmerge(I) obs: 0.486 / Num. unique all: 6666

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
SHELXL精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 0.97→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: SHELX-L
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.134 3377 -RANDOM
Rwork0.106 ---
obs0.114 63926 99.9 %-
all-63926 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1070 0 3 314 1387
拘束条件タイプ: SHELX-L restraint parameters / Dev ideal: 0.019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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