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- PDB-1vky: Crystal structure of S-adenosylmethionine tRNA ribosyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vky
タイトルCrystal structure of S-adenosylmethionine tRNA ribosyltransferase (TM0574) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
要素S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
キーワードISOMERASE / TM0574 / S-adenosylmethionine tRNA ribosyltransferase / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase activity / tRNA wobble guanine modification / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
QueA-like / QueA-like / QueA-like / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA superfamily / QueA, domain 1 / QueA, domain 2 / Queuosine biosynthesis protein / Thrombin, subunit H / Beta Barrel ...QueA-like / QueA-like / QueA-like / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA superfamily / QueA, domain 1 / QueA, domain 2 / Queuosine biosynthesis protein / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase (QueA) from Thermotoga maritima at 2.0 A resolution reveals a new fold.
著者: Mathews, I. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. ...著者: Mathews, I. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Ouyang, J. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
B: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3694
ポリマ－80,3692
非ポリマー02
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.033, 122.843, 131.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 335 / Label seq-ID: 16 - 347

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase / Queuosine biosynthesis protein queA


分子量: 40184.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: QUEA, TM0574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ44, 異性化酵素
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.9858.78
23.6666.12
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2951蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.10M NP_Citrate 1, 4.0% NP_Peg 6000, % NP_PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 295K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.10M NP_Citrate 2, 12.0% NP_PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.9793
シンクロトロンAPS 19-ID20.97934,1.00800,0.97921
検出器
タイプID検出器日付
ADSC1CCD2003年10月18日
APS 2CCD2003年8月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.979341
31.0081
40.979211
反射解像度: 2→29.39 Å / Num. obs: 65036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 44.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 9393 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.404 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. The extra density in the active site is assigned as unknown ligand, UNL. 3. There is some unexplained density at the end of chain B ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. The extra density in the active site is assigned as unknown ligand, UNL. 3. There is some unexplained density at the end of chain B without any protein contacts.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21041 3280 5 %RANDOM
Rwork0.17951 ---
obs0.18107 61756 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å20 Å20 Å2
2--1.47 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4501 0 18 162 4681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9746207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.805310270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1835555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74722.475202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57715835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9931545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.24292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22850
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.29432894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.65231134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2954541
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3981902
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.898111666
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4416 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.460.5
medium thermal0.942
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 250 5.27 %
Rwork0.253 4495 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4829-0.54980.46210.7454-0.35410.68990.02970.0801-0.01610.0006-0.02090.01020.04610.0356-0.00870.04230.00810.01140.00380.0410.06329.61328.01530.202
20.6278-0.0291-0.05354.5224-4.48785.13950.21840.0699-0.0722-0.1854-0.2620.07320.19360.3410.04360.01270.0544-0.0590.0478-0.16360.150329.54413.81817.144
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 6316 - 75
21BB4 - 6316 - 75
31AA174 - 335186 - 347
41BB174 - 335186 - 347
52AA65 - 14277 - 154
62BB65 - 14277 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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