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- PDB-1vkp: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT5G081... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkp
タイトルX-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT5G08170, AGMATINE IMINOHYDROLASE
要素AGMATINE IMINOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / structural genomics / protein structure initiative / At5g08170 / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / AGMATINE IMINOHYDROLASE / AIH / AGMATINE DEIMINASE / N-CARBAMOYLPUTRESCINE / PUTRESCINE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


agmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / polyamine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity
類似検索 - 分子機能
Agmatine deiminase / Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agmatine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g08170
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics
履歴
登録2004年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS LIKELY A DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGMATINE IMINOHYDROLASE
B: AGMATINE IMINOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,10818
ポリマ－87,0432
非ポリマー1,06516
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.020, 115.813, 66.634
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AGMATINE IMINOHYDROLASE / AIH / AGMATINE DEIMINASE


分子量: 43521.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g08170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GWW7, agmatine deiminase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 297 K / pH: 7
詳細: 10 mg/ml protein, 18% PEG 4000, 8% ethylene glycol, 100 mM MOPS, Vapor diffusion, hanging drop, pH 7.00, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97908
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日 / 詳細: RH MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→25 Å / Num. obs: 127993 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.69
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / % possible all: 96.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.532 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.34 / 反射: 119957
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
12.12357.8746.704SE16.51.04
23.23736.7512.688SE16.70.76
319.63252.64517.32SE17.40.81
419.4832.42311.61SE13.70.63
511.38111.83718.978SE14.40.62
654.5557.96119.159SE16.90.73
736.08559.22327.044SE18.50.68
818.3255.69516.496SE22.50.61
925.2136.1831.424SE25.40.63
1024.98149.24819.013SE19.20.5
1131.42455.61629.278SE25.20.63
1252.05373.37526.561SE44.10.99
1319.869.73414.869SE21.80.3
1431.71795.1332.912SE37.40.38
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
5.46-200.446146
3.46-5.460.4110615
2.72-3.460.4513529
2.3-2.720.4615890
2.04-2.30.4217696
1.84-2.040.3518691
1.7-1.840.2319104
1.58-1.70.1418286
Phasing dmFOM : 0.96 / FOM acentric: 0.96 / FOM centric: 0.6 / 反射: 5613 / Reflection acentric: 5321 / Reflection centric: 1972
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
2.7-19.870.930.930.871728416830292
2.2-2.70.830.830.852150121123454
1.9-2.20.690.690.682137821071378
1.6-1.90.430.430.523520634818307
1.5-1.60.210.210.281897618823388

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.53→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.0000
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 6038 5 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.148 113920 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5853 0 67 779 6699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0216052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9338201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.915312371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3365726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.26405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.54523641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.30721466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67645898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.81362411
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.79982303
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 378 -
Rwork0.165 6541 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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