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- PDB-1vkk: Crystal structure of Glia maturation factor-gamma (GMFG) from Mus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkk
タイトルCrystal structure of Glia maturation factor-gamma (GMFG) from Mus musculus at 1.50 A resolution
要素Glia maturation factor gamma
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / 15079298 / GMFG / GLIA MATURATION FACTOR-GAMMA / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament debranching / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Neutrophil degranulation / growth factor activity / actin binding
類似検索 - 分子機能
Glia maturation factor / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Glia maturation factor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Glia maturation factor-gamma (GMFG) from Mus musculus at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glia maturation factor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3282
ポリマ－18,2331
非ポリマー951
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.049, 34.605, 38.365
Angle α, β, γ (deg.)69.95, 87.51, 70.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glia maturation factor gamma / GMF-gamma


分子量: 18232.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: GMFG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ERL7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.56 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8.5
詳細: 30% PEG-4000, 0.1M Tris hydrochloride pH 8.5,0.2M lithium sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→35.92 Å / Num. obs: 22189 / % possible obs: 76.6 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 22.11 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 518 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 23.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f7s

1f7s


解像度: 1.35→35.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.954 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ARG 142 SIDE CHAIN CONFORMATION IS SUSPICIOUS. ITS DENSITY IS POOR. 3. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.50 A WITH 2779 OBSERVED REFLECTIONS ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ARG 142 SIDE CHAIN CONFORMATION IS SUSPICIOUS. ITS DENSITY IS POOR. 3. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.50 A WITH 2779 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.50-1.35A (35% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT. 4. TEMPERATURE FACTORS WERE REFINED AS ISOTROPIC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19411 1141 5.1 %RANDOM
Rwork0.1581 ---
obs0.15996 21048 76.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20.34 Å2-0.31 Å2
2---0.24 Å2-0.02 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→35.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1133 0 5 183 1321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9721599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83632546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28323.96658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45615230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9451510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.21156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3050.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9953722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4993274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.81251154
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.188514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.30211444
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 25 4.83 %
Rwork0.27 493 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.052 Å / Origin y: 1.213 Å / Origin z: -1.971 Å
111213212223313233
T-0.036 Å2-0.0082 Å2-0.0098 Å2--0.0306 Å2-0.0047 Å2---0.033 Å2
L0.558 °2-0.1563 °2-0.1032 °2-1.1806 °2-0.1889 °2--1.5612 °2
S0.0059 Å °0.0019 Å °0.0092 Å °-0.0262 Å °0.0193 Å °0.033 Å °0.0016 Å °-0.005 Å °-0.0252 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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