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- PDB-1vkf: CRYSTAL STRUCTURE OF A GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR-RELA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR-RELATED PROTEIN (TM1436) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 1.65 A RESOLUTION
要素glycerol uptake operon antiterminator-related protein
キーワードTRANSCRIPTION / GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol metabolic process / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake operon antiterminator / Glycerol-3-phosphate responsive antiterminator / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PHOSPHATE ION / Glycerol uptake operon antiterminator-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Glycerol uptake operon antiterminator-related protein (TM1436) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
B: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
C: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
D: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5648
ポリマ－83,8924
非ポリマー6714
水7,044391
1
A: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1652
ポリマ－20,9731
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0682
ポリマ－20,9731
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1652
ポリマ－20,9731
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: glycerol uptake operon antiterminator-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1652
ポリマ－20,9731
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.527, 138.783, 160.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: MSE / End label comp-ID: MSE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 172 / Label seq-ID: 13 - 184

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
glycerol uptake operon antiterminator-related protein


分子量: 20973.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1F0
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.5
詳細: Citrate pH 5.5, 50% PEG-200, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.953693
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月16日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→80.31 Å / Num. obs: 110006 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 6833 / Rsym value: 0.576 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→72.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.105 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21126 5519 5 %RANDOM
Rwork0.18517 ---
obs0.18649 104433 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.35 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→72.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5246 0 44 391 5681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9847311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.836312272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2315694
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.26079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23422
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.21633437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.34155557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.40581969
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.002111754
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2501 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.545
2Bloose positional0.585
3Cloose positional0.455
4Dloose positional0.725
1Aloose thermal4.5510
2Bloose thermal4.0910
3Cloose thermal3.7310
4Dloose thermal5.7910
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 318 4.66 %
Rwork0.329 6503 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50430.5467-0.10140.7312-0.04720.38060.117-0.1054-0.02420.1157-0.06050.0786-0.04980.0137-0.05640.17370.00180.00510.09060.02170.106165.647937.448644.8019
21.1126-0.3885-0.18261.1926-0.02080.41690.05640.11060.0198-0.128-0.0631-0.00020.007-0.06350.00670.13490.00630.00940.08960.00370.162365.5888.885536.6448
31.7896-0.28980.19650.748-0.94672.05290.03320.1614-0.2935-0.03540.06210.12320.1936-0.2129-0.09530.1002-0.02060.0080.223-0.04270.059688.0519-10.910510.4689
41.3337-0.25090.56821.7922-1.00982.64780.00730.39990.31920.0415-0.3259-0.224-0.03760.71020.31870.09890.01160.00370.38850.17920.092141.1733-4.729914.466
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 172 / Label seq-ID: 13 - 184

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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