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- PDB-1vkb: Crystal structure of an aig2-like protein (a2ld1, ggact, mgc7867)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkb
タイトルCrystal structure of an aig2-like protein (a2ld1, ggact, mgc7867) from mus musculus at 1.90 A resolution
要素hypothetical protein
キーワードTRANSFERASE / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamylamine cyclotransferase / cellular modified amino acid catabolic process / gamma-glutamylaminecyclotransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamylaminecyclotransferase / Gamma-glutamylcyclotransferase, AIG2-like domain / Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Gamma-glutamylaminecyclotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a conserved hypothetical protein (gi: 13879369) from Mouse at 1.90 A resolution reveals a new fold.
著者: Klock, H.E. / Schwarzenbacher, R. / Xu, Q. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / ...著者: Klock, H.E. / Schwarzenbacher, R. / Xu, Q. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C. / Sims, E. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / White, A. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6994
ポリマ－18,5611
非ポリマー1383
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.745, 85.745, 42.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 18560.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q923B0
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 4.1 Acetate, 2.4 NaFormate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.742575
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.742575 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 14364 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 60.45 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 86.21
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 0.78 % / Mean I/σ(I) obs: 27.43 / Num. unique all: 2772 / Rsym value: 0.122 / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
autoSHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.733 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2). SS BOND BETWEEN CYS 35 AND CYS 62 IS MODELLED AS HALF OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17058 720 5 %RANDOM
Rwork0.13416 ---
obs0.13609 13625 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.07 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1188 0 9 108 1305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.021075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.9241708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94132507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2645145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.63323.43864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.46815195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.45157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2273761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6343301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.16851207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.958567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.65211501
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 43 3.99 %
Rwork0.105 1036 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.466 Å / Origin y: 26.07 Å / Origin z: -0.084 Å
111213212223313233
T-0.0332 Å20.011 Å20.0061 Å2--0.0305 Å20.0056 Å2---0.0198 Å2
L0.727 °2-0.1209 °2-0.0688 °2-1.3781 °20.5684 °2--0.9496 °2
S-0.043 Å °-0.0205 Å °-0.0447 Å °0.0076 Å °0.0064 Å °0.0671 Å °0.0852 Å °-0.0009 Å °0.0366 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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