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- PDB-1vk3: Crystal structure of Phosphoribosylformylglycinamidine synthase I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vk3
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II (TM1246) from Thermotoga maritima at 2.15 A resolution
要素Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
キーワードLIGASE / TM1246 / PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE II / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, C-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL, C-terminal / PurL, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II C-terminus / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase linker domain / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain ...Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase, C-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL, C-terminal / PurL, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II C-terminus / Phosphoribosylformylglycinamidine subunit PurL / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, linker domain / Formylglycinamide ribonucleotide amidotransferase linker domain / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurL
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of phosphoribosylformylglycinamidine synthase II (smPurL) from Thermotoga maritima at 2.15 A resolution.
著者: Mathews, I.I. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / ...著者: Mathews, I.I. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3382
ポリマ－68,3021
非ポリマー351
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.775, 72.689, 128.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase II / FGAM synthase II


分子量: 68302.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: PURL, TM1246 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0X3, phosphoribosylformylglycinamidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8
詳細: 30.00% PEG 200, 0.10M Tris pH 8.0, 7% NP_PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0035, 0.9796
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00351
20.97961
反射解像度: 2.15→72.69 Å / Num. obs: 28272 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 1292 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 56.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→63.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.207 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.239
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25423 1368 4.8 %RANDOM
Rwork0.18645 ---
obs0.18974 26869 90.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→63.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4444 0 1 221 4666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9596164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0445584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56323.966179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93415751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3621527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22070
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.75832988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59754700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.42381736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.269111464
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 62 4.82 %
Rwork0.253 1225 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0952-0.07161.02281.2122-0.05081.5736-0.0203-0.0192-0.0819-0.00510.036-0.02370.1253-0.0415-0.01570.0030.01380.0120.026-0.0156-0.034118.78942.21636.226
20.70480.0230.350.8631-0.12180.68760.0237-0.01330.02370.0082-0.03030.05650.0294-0.00440.00670.01130.00290.02640.0311-0.0236-0.015917.03264.67451.616
32.12020.083802.701-0.61452.9703-0.0633-0.17050.13420.0922-0.0477-0.0106-0.18110.05810.111-0.0558-0.0075-0.0145-0.0266-0.0651-0.03423.18783.04365.32
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
112 - 3414 - 46
21163 - 341175 - 353
3235 - 16247 - 174
42342 - 506354 - 518
53507 - 603519 - 615

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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