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- PDB-1vk1: Conserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-392566-001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vk1
タイトルConserved hypothetical protein from Pyrococcus furiosus Pfu-392566-001
要素Conserved hypothetical protein
キーワードstructural genomics / unknown function / reductive methylation / dimethyl lysine / Pyrococcus furiosus / conserved hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, domain 2 / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, domain 2 / Domain of unknown function DUF5603 / Domain of unknown function (DUF5603) / L-serine kinase SerK/SbnI, C-terminal / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain ...Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, domain 2 / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, domain 2 / Domain of unknown function DUF5603 / Domain of unknown function (DUF5603) / L-serine kinase SerK/SbnI, C-terminal / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE WAVELENGTH ANOMALOUS SCATTERING / 多重同系置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Shah, A. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Chen, L. / Lee, D. / Yang, H. / Chang, J. / Zhao, M. / Ng, J. / Rose, J. ...Shah, A. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Chen, L. / Lee, D. / Yang, H. / Chang, J. / Zhao, M. / Ng, J. / Rose, J. / Brereton, P.S. / Izumi, M. / Jenney Jr., F.E. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用
ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: (NZ)CH...O contacts assist crystallization of a ParB-like nuclease.
著者: Shaw, N. / Cheng, C. / Tempel, W. / Chang, J. / Ng, J. / Wang, X.Y. / Perrett, S. / Rose, J. / Rao, Z. / Wang, B.C. / Liu, Z.J.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure solution of a ParB-like nuclease at atomic resolution.
著者: Shaw, N. / Tempel, W. / Chang, J. / Yang, H. / Cheng, C. / Ng, J. / Rose, J. / Rao, Z. / Wang, B.C. / Liu, Z.J.
履歴
登録2004年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2174
ポリマ－27,9931
非ポリマー2243
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.148, 40.099, 65.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical protein


分子量: 27992.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3S5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5
詳細: 2.0M NaCl, 0.1M TRIS, pH 8.5, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.07
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / % possible obs: 80.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 21.5

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換
Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.65 / 反射: 10970 / Reflection acentric: 10184 / Reflection centric: 786
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-19.9550.820.820.81503403100
4.1-6.60.840.840.8215481383165
3.3-4.10.80.810.7219111763148
2.9-3.30.720.720.7218511745106
2.5-2.90.590.590.5432273057170
2.3-2.50.20.20.231930183397
Phasing MIR解像度: 2.5→20 Å / FOM: 0.54 / 反射: 8671
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
8.52-200.62473
5.54-8.520.63753
4.38-5.540.59934
3.74-4.380.541103
3.31-3.740.531215
3-3.310.531307
2.77-30.521425
2.58-2.770.51461

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMACrefmac_5.2.0001精密化
ARP/wARPrefmac_5.2.0001モデル構築
PDB_EXTRACT1データ抽出
MolProbityモデル構築
SCA2STRUCTUREPIPELINE位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE WAVELENGTH ANOMALOUS SCATTERING
解像度: 1.2→55.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 3374 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.166 63181 83.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å2-0.26 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→55.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 12 137 1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9872586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7434288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.5682580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97115352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.897157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1660.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0940.277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1620.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0840.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.99121159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.792471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.79231877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5142755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7013709
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.30133769
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.3743138
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.23933732
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.194 75
Rwork0.179 1369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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