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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vjr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-nitrophenylphosphatase (TM1742) from Thermotoga maritima at 2.40 A resolution | ||||||
![]() | 4-nitrophenylphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / TM1742 / 4-nitrophenylphosphatase / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycolate phosphatase activity / alkaline phosphatase activity / phosphatase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 4-nitrophenylphosphatase (TM1742) from Thermotoga maritima at 2.40 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE FOR THE VAL/MET CONFLICT AT RESIDUE 1: THIS GENE USES AN ALTERNATE INITIATION CODON THAT ...SEQUENCE FOR THE VAL/MET CONFLICT AT RESIDUE 1: THIS GENE USES AN ALTERNATE INITIATION CODON THAT RESULTS IN A VALINE AT POSITION 1 WHEN EXPRESSED AS A FUSION. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30554.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM1742 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.82 % |
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結晶化 | 温度: 273 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.5 詳細: 2M sodium chloride, 0.1M MES pH 6.5, 0.1M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M potassium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月22日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→94 Å / Num. obs: 28916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 57.98 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 14.5 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2087 / Rsym value: 0.537 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.646 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→51.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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