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- PDB-1vjk: Putative molybdopterin converting factor, subunit 1 from Pyrococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vjk
タイトルPutative molybdopterin converting factor, subunit 1 from Pyrococcus furiosus, Pfu-562899-001
要素molybdopterin converting factor, subunit 1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / molybdopterin converting factor / subunit 1 / Pfu-562899-001 / Pyrococcus furiosus / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin adenylyltransferase complex / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / MoaD, archaeal-type / Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin converting factor, subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Chen, L. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Lee, D. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. ...Chen, L. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Lee, D. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. / Li, T. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Putative molybdopterin converting factor, subunit 1 from Pyrococcus furiosus, Pfu-562899-001 '
著者: Chen, L. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Lee, D. / Rose, J.P. / ENEH, J.C. / HOPKINS, R.C. / JENNEY JR., F.E. / LEE, H.S. / Li, T. / POOLE II, F.L. / SHAH, C. / SUGAR, F.J. / ADAMS, M.W. ...著者: Chen, L. / Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Lee, D. / Rose, J.P. / ENEH, J.C. / HOPKINS, R.C. / JENNEY JR., F.E. / LEE, H.S. / Li, T. / POOLE II, F.L. / SHAH, C. / SUGAR, F.J. / ADAMS, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2004年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: molybdopterin converting factor, subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2011
ポリマ－11,2011
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.467, 81.467, 63.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 molybdopterin converting factor, subunit 1


分子量: 11201.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌)
解説: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.- S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) ...解説: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.- S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) UNDER THE DIRECTION OF M.W.W.ADAMS.
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3C7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 6.5
詳細: 100mM sodium cacodylate, 30% PEG 8000, 200mM ammonium sulfate, modified microbatch, temperature 291K, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 19993 / % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.51-1.560.161100
1.56-1.630.1321100
1.63-1.70.1081100
1.7-1.790.0911100
1.79-1.90.0771100
1.9-2.050.0671100
2.05-2.260.0631100
2.26-2.580.0611100
2.58-3.250.065199.9
3.25-500.058193.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.42 / 反射: 4584
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.52-200.35272
5.54-8.520.41404
4.38-5.540.42498
3.74-4.380.43559
3.31-3.740.46636
3-3.310.44687
2.77-30.43745
2.58-2.770.41783
Phasing dmFOM : 0.59 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.49 / 反射: 5819 / Reflection acentric: 4568 / Reflection centric: 1251
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-19.540.830.830.64291149142
4.1-6.60.80.860.64821571250
3.3-4.10.80.840.64982762220
2.9-3.30.70.750.5973779194
2.5-2.90.540.580.3317051415290
2.3-2.50.180.180.161047892155

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMACrefmac_5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1データ抽出
ARP/wARPモデル構築
XFITデータ削減
MolProbityモデル構築
精密化解像度: 1.51→70.711 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 0.954 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.07
詳細: Difference density close to the sidechains of residues TYR 54 and TYR 68 suggests the presence of the crystallization reagent polyethylene glycol between symmetry-related copies of the peptide chain.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1021 5.116 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.211 ---
obs-18936 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.225 Å20.112 Å20 Å2
2--0.225 Å20 Å2
3----0.337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→70.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数702 0 0 67 769
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.954964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.951586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0750.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8632431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8343694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8172284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4313270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.51-1.54910.206820.17613681450
1.549-1.59150.178830.17413381421
1.591-1.63760.205670.17613051372
1.638-1.6880.285640.19712691333
1.688-1.74330.25570.19712411298
1.743-1.80440.218640.19912141278
1.804-1.87250.19630.19211501213
1.873-1.94890.204600.19811201180
1.949-2.03550.221620.20710811143
2.036-2.13480.222530.2110291082
2.135-2.25010.215540.2099771032
2.25-2.38650.226530.209931987
2.386-2.5510.252540.229876930
2.551-2.75510.253400.221829869
2.755-3.01770.227430.227770813
3.018-3.37310.218440.23687734
3.373-3.89340.213270.201593656
3.893-4.76480.207190.185531573
4.765-6.72320.226180.23422458
6.723-70.71070.286140.31205288
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.841 Å / Origin y: 44.319 Å / Origin z: 0.93 Å
111213212223313233
T0.0248 Å20.0225 Å2-0.0044 Å2-0.0887 Å20.0307 Å2--0.0212 Å2
L1.8303 °2-0.4511 °2-0.5906 °2-0.9073 °2-0.2207 °2--1.1329 °2
S-0.0827 Å °-0.0929 Å °-0.09 Å °0.0844 Å °0.0333 Å °0.0378 Å °-0.0414 Å °0.1577 Å °0.0495 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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