[日本語] English
万見
- PDB-1vjh: Crystal structure of gene product of At1g24000 from Arabidopsis t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vjh
タイトルCrystal structure of gene product of At1g24000 from Arabidopsis thaliana
要素Bet v I allergen family
キーワードPLANT PROTEIN / Structural genomics / Arabidopsis Thaliana / Center for Eukaryotic Structural Genomics / Protein Structure Initiative / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Pathogenesis-related protein Bet v I family / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein At1g24000 / MLP-like protein 423
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: 1H, 15N and 13C resonance assignments of the putative Bet v 1 family protein At1g24000.1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Song, J. / Zhao, Q. / Lee, M.S. / Markley, J.L.
履歴
登録2004年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE AUTHORS ARE UNCERTAIN OF THE BIOLOGICAL UNIT.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bet v I allergen family
B: Bet v I allergen family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7472
ポリマ－27,7472
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.681, 34.261, 78.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.008, 90.000
Int Tables number3
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-166-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bet v I allergen family


分子量: 13873.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g24000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LR93, UniProt: P0C0B0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium Malonate, Sodium HEPES, DMEPEG 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: Aceti, D.J., (2003) Biopolymers, 469., Jeon, W.B., (2005) J.Struct.Funct.Genom., 61, 206., Zhao, Q., (2004) J.Struct.Funct.Genom., 5, 87.

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 14582 / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obs
2.1-2.141000.1
2.14-2.181000.099
2.18-2.221000.097
2.22-2.261000.099
2.26-2.311000.095
2.31-2.371000.096
2.37-2.421000.083
2.42-2.491000.087
2.49-2.561000.084
2.56-2.651000.081
2.65-2.741000.078
2.74-2.851000.077
2.85-2.981000.075
2.98-3.141000.07
3.14-3.331000.063
3.33-3.591000.058
3.59-3.951000.055
3.95-4.5299.60.052
4.52-5.6999.40.056
5.69-3097.50.067

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.1 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.45 / 反射: 14224
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
19.248011.819SE15.82.38
244.49817.48124.397SE28.11.9
33.51925.81821.587SE162.14
49.3948.3196.505SE26.51.94
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.51-300.45700
4.76-7.510.471185
3.72-4.760.481531
3.16-3.720.491808
2.79-3.160.491975
2.53-2.790.472189
2.33-2.530.452373
2.17-2.330.362463
Phasing dmFOM : 0.66 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.56 / 反射: 14229 / Reflection acentric: 13044 / Reflection centric: 1185
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6-29.7930.870.870.62648508140
3.8-60.870.880.7719351703232
3-3.80.80.810.6324392216223
2.6-30.680.70.5324102235175
2.3-2.60.580.590.4542283961267
2.1-2.30.440.450.3325692421148

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.1.24精密化
SOLVE2.02位相決定
RESOLVE2.02位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.4データ抽出
精密化解像度: 2.1→21.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.033 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 733 5.031 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
all0.188 ---
obs-13837 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.432 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.414 Å20 Å20.322 Å2
2--1.182 Å20 Å2
3----0.768 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→21.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 0 106 2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.9462624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.775238
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21341
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1331.51193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03321943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2973758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2964.5681
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.15060.231510.1429991092
2.151-2.20950.238570.1539701027
2.21-2.27350.248510.1629971048
2.274-2.34340.222480.168894942
2.343-2.42020.277520.179930982
2.42-2.50510.242450.165864909
2.505-2.59960.272480.173854902
2.6-2.70560.25330.177821854
2.706-2.82570.326430.185793836
2.826-2.96350.218400.197729769
2.963-3.12350.303250.199761786
3.313-3.5410.229330.188650683
3.541-3.8240.191390.182597636
3.824-4.1880.202330.178549583
4.188-4.68070.161280.187492524
4.681-5.40170.284220.191449474
5.402-6.6080.279230.263386410
6.608-9.31260.323260.244284318
9.313-79.05690.184140.225147190
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る