+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vik | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR HOE/BAY 793 ORTHORHOMBIC FORM | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) / HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス) / HOE/BAY 793: INHIBITOR DESIGN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...: / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lange-Savage, G. / Berchtold, H. / Liesum, A. / Hilgenfeld, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997 タイトル: Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing. 著者: Lange-Savage, G. / Berchtold, H. / Liesum, A. / Budt, K.H. / Peyman, A. / Knolle, J. / Sedlacek, J. / Fabry, M. / Hilgenfeld, R. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997 タイトル: Erratum. Structure of Hoe/Bay 793 Complexed to Human Immunodeficiency Virus (HIV-1) Protease in Two Different Crystal Forms--Structure/Function Relationship and Influence of Crystal Packing 著者: Lange-Savage, G. / Berchtold, H. / Liesum, A. / Budt, K.H. / Peyman, A. / Knolle, J. / Sedlacek, J. / Fabry, M. / Hilgenfeld, R. #2: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 1993 タイトル: Structure-Based Inhibitors of HIV-1 Protease 著者: Wlodawer, A. / Erickson, J.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vik.cif.gz | 55.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1vik.ent.gz | 39.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/1vik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/1vik | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12499, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-BAY / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 8026 / % possible obs: 67 % / Num. measured all: 23324 / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 80 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 詳細: RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES ANGLE DISTANCE (DEGREES) : 3.90
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.013 |