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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vik | ||||||
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タイトル | HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR HOE/BAY 793 ORTHORHOMBIC FORM | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | ASPARTYL PROTEASE / HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS / HOE/BAY 793: INHIBITOR DESIGN | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lange-Savage, G. / Berchtold, H. / Liesum, A. / Hilgenfeld, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing. 著者: Lange-Savage, G. / Berchtold, H. / Liesum, A. / Budt, K.H. / Peyman, A. / Knolle, J. / Sedlacek, J. / Fabry, M. / Hilgenfeld, R. #1: ![]() タイトル: Erratum. Structure of Hoe/Bay 793 Complexed to Human Immunodeficiency Virus (HIV-1) Protease in Two Different Crystal Forms--Structure/Function Relationship and Influence of Crystal Packing 著者: Lange-Savage, G. / Berchtold, H. / Liesum, A. / Budt, K.H. / Peyman, A. / Knolle, J. / Sedlacek, J. / Fabry, M. / Hilgenfeld, R. #2: ![]() タイトル: Structure-Based Inhibitors of HIV-1 Protease 著者: Wlodawer, A. / Erickson, J.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 518.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BAY / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 8026 / % possible obs: 67 % / Num. measured all: 23324 / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 80 % |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 詳細: RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES ANGLE DISTANCE (DEGREES) : 3.90
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.013 |