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- PDB-1vii: THERMOSTABLE SUBDOMAIN FROM CHICKEN VILLIN HEADPIECE, NMR, MINIMI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vii
タイトルTHERMOSTABLE SUBDOMAIN FROM CHICKEN VILLIN HEADPIECE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素VILLIN
キーワードACTIN BINDING / 3 HELIX MOTIF / THERMOSTABLE SUBDOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / lysophosphatidic acid binding / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping ...regulation of actin nucleation / lysophosphatidic acid binding / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cellular response to epidermal growth factor stimulus / response to bacterium / filopodium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / regulation of cell shape / lamellipodium / actin cytoskeleton / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING
データ登録者Mcknight, C.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: NMR structure of the 35-residue villin headpiece subdomain.
著者: McKnight, C.J. / Matsudaira, P.T. / Kim, P.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: A Thermostable 35-Residue Subdomain within Villin Headpiece
著者: Mcknight, C.J. / Doering, D.S. / Matsudaira, P.T. / Kim, P.S.
履歴
登録1997年1月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VILLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1961
ポリマ－4,1961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100NO NOE VIOLATIONS > 0.4 ANGSTROMS, NO ANGLE VIOLATION > 5 DEG
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VILLIN / HP-36 / R42-76


分子量: 4195.901 Da / 分子数: 1 / 断片: THERMOSTABLE SUBDOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: EPITHELIUM / Cell: EPITHELIAL / 細胞内の位置: MICROVILLI / 器官: INTESTINE / プラスミド: PVHP42-76B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02640

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121CLEANTOCSY
131DQFCOSY
141HSQC
151ECOSY
161HMQCJ

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試料調製

試料状態pH: 3.7 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE X-PLOR (R6)1/6 NOE POTENTIAL WAS USED FOR NOE'S INVOLVING NON-STEREOSPECIFICALLY ASSIGNED METHYL, METHYLENE, AND AROMATIC PROTONS. NO ATTRACTIVE POTENTIALS WERE USED IN CALCULATING THE ...詳細: THE X-PLOR (R6)1/6 NOE POTENTIAL WAS USED FOR NOE'S INVOLVING NON-STEREOSPECIFICALLY ASSIGNED METHYL, METHYLENE, AND AROMATIC PROTONS. NO ATTRACTIVE POTENTIALS WERE USED IN CALCULATING THE STRUCTURES. THE VAN DER WAALS CUTOFF USED FOR THE X-PLOR REPEL FUNCTION WAS 0.75 ANGSTROMS. AFTER DISTANCE GEOMETRY AND REGULARIZATION, EACH STRUCTURE WAS SUBJECTED TO ONE ROUND OF SIMULATED ANNEALING FROM 2000K TO 100K OVER 2000 STEPS. THIS IS THE AVERAGE OF 29 STRUCTURES MINIMIZED USING ONLY REPULSIVE POTENTIALS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS > 0.4 ANGSTROMS, NO ANGLE VIOLATION > 5 DEG
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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