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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vhr | ||||||
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タイトル | HUMAN VH1-RELATED DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE | ||||||
![]() | HUMAN VH1-RELATED DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE VHR | ||||||
![]() | HYDROLASE / PROTEIN DUAL-SPECIFICITY PHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() receptor signaling protein tyrosine kinase inhibitor activity / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of chemotaxis / negative regulation of T cell activation / positive regulation of focal adhesion disassembly / ERKs are inactivated / negative regulation of JNK cascade / dephosphorylation / motile cilium ...receptor signaling protein tyrosine kinase inhibitor activity / MAP kinase phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of chemotaxis / negative regulation of T cell activation / positive regulation of focal adhesion disassembly / ERKs are inactivated / negative regulation of JNK cascade / dephosphorylation / motile cilium / regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / immunological synapse / negative regulation of MAPK cascade / cytoskeletal protein binding / protein-tyrosine-phosphatase / positive regulation of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine kinase binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of cell migration / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / cytoskeleton / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yuvaniyama, J. / Denu, J.M. / Dixon, J.E. / Saper, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the dual specificity protein phosphatase VHR. 著者: Yuvaniyama, J. / Denu, J.M. / Dixon, J.E. / Saper, M.A. #1: ![]() タイトル: The Purification and Characterization of a Human Dual-Specific Protein Tyrosine Phosphatase 著者: Denu, J.M. / Zhou, G. / Wu, L. / Zhao, R. / Yuvaniyama, J. / Saper, M.A. / Dixon, J.E. #2: ![]() タイトル: The Catalytic Role of Cys124 in the Dual Specificity Phosphatase Vhr 著者: Zhou, G. / Denu, J.M. / Wu, L. / Dixon, J.E. #3: ![]() タイトル: Expression Cloning of a Human Dual-Specificity Phosphatase 著者: Ishibashi, T. / Bottaro, D.P. / Chan, A. / Miki, T. / Aaronson, S.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.962481, -0.060958, -0.264412), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20370.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 解説: ORIGINAL GENE GDB\:DUSP3; VHR, CHROMOSOME MAP POSITION 17Q21 プラスミド: PT7-7-VHR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EPE / | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: THE FULL-LENGTH VHR (RESIDUES 2 - 185) WAS CRYSTALLIZED AT A CONCENTRATION OF 5-6 MG/ML WITH 14% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 22.5 MM LITHIUM SULFATE, 50 MM HEPES PH 7.0, AND 0.05% BETA- ...詳細: THE FULL-LENGTH VHR (RESIDUES 2 - 185) WAS CRYSTALLIZED AT A CONCENTRATION OF 5-6 MG/ML WITH 14% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 22.5 MM LITHIUM SULFATE, 50 MM HEPES PH 7.0, AND 0.05% BETA-MERCAPTOETHANOL IN A HANGING DROP OF 20 MICROLITERS. THE DROP WAS EQUILIBRATED AGAINST 1 ML OF TWICE THE CONCENTRATION OF PRECIPITANT SOLUTION AT 23 DEGREE CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 296K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月27日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→90 Å / Num. obs: 18952 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 41078 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MIR SOFTWARE USED : PHASES STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT: NULL 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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