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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vha | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
![]() | 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / structural genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Structural GenomiX | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project 著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN If POP is in conformation A then ACY 3 and 4 are present conformation B then ACY 2 and 4 ...HETEROGEN If POP is in conformation A then ACY 3 and 4 are present conformation B then ACY 2 and 4 are present conformation C then ACY 2 and 3 are present So there is always a POP (with time spent between 3 conformations) and each ACY is present 2/3 of the time since it is compatible with each of the POP conformations. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1o60C ![]() 1o61C ![]() 1o62C ![]() 1o63C ![]() 1o64C ![]() 1o65C ![]() 1o66C ![]() 1o67C ![]() 1o68C ![]() 1o69C ![]() 1o6bC ![]() 1o6cC ![]() 1o6dC ![]() 1vgtC ![]() 1vguC ![]() 1vgvC ![]() 1vgwC ![]() 1vgxC ![]() 1vgyC ![]() 1vgzC ![]() 1vh0C ![]() 1vh1C ![]() 1vh2C ![]() 1vh3C ![]() 1vh4C ![]() 1vh5C ![]() 1vh6C ![]() 1vh7C ![]() 1vh8C ![]() 1vh9C ![]() 1vhcC ![]() 1vhdC ![]() 1vheC ![]() 1vhfC ![]() 1vhgC ![]() 1vhjC ![]() 1vhkC ![]() 1vhlC ![]() 1vhmC ![]() 1vhoC ![]() 1vhqC ![]() 1vhsC ![]() 1vhtC ![]() 1vhuC ![]() 1vhvC ![]() 1vhwC ![]() 1vhxC ![]() 1vhyC ![]() 1vhzC ![]() 1vi0C ![]() 1vi1C ![]() 1vi2C ![]() 1vi3C ![]() 1vi4C ![]() 1vi5C ![]() 1vi6C ![]() 1vi8C ![]() 1vi9C ![]() 1viaC ![]() 1vicC ![]() 1vimC ![]() 1viqC ![]() 1visC ![]() 1viuC ![]() 1vivC ![]() 1vixC ![]() 1viyC ![]() 1vizC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18763.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ISPF, HI0671 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P44815, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-ACY / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→45.55 Å / Num. all: 43711 / Num. obs: 43711 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.65 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 冗長度: 7.6 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Babinet bulk solvent correction / Bsol: 453.597 Å2 / ksol: 0.857 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.673 Å2
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Refine Biso | クラス: all / Treatment: isotropic | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.55 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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