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- PDB-1vgh: HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vgh
タイトルHEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR-165
キーワードGROWTH FACTOR / HEPARIN-BINDING / ANGIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / VEGF ligand-receptor interactions / vascular endothelial growth factor receptor binding / positive regulation of mast cell chemotaxis / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lung vasculature development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / tube formation / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / sprouting angiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / endothelial cell proliferation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / outflow tract morphogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of cell adhesion / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / vasculogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
類似検索 - 分子機能
Vascular Endothelial Growth Factor-165, Heparin-binding Domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. ...Vascular Endothelial Growth Factor-165, Heparin-binding Domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Fairbrother, W.J. / Champe, M.A. / Christinger, H.W. / Keyt, B.A. / Starovasnik, M.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the heparin-binding domain of vascular endothelial growth factor.
著者: Fairbrother, W.J. / Champe, M.A. / Christinger, H.W. / Keyt, B.A. / Starovasnik, M.A.
履歴
登録1997年12月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR-165


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4961
ポリマ－6,4961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST RESIDUAL RESTRAINT VIOLATION ENERGIES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR-165 / VEGF-165


分子量: 6496.479 Da / 分子数: 1 / 断片: HEPARIN-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112QF-COSY
1212Q
131TOCSY (70 AND 100 MS)
141NOESY(50
151100
161AND 200 MS)
17115N-HSQC
18115N-TOCSY-HSQC(30 AND 70 MS)
19115N-NOESY-HSQC(120 MS)
110115N-ROESY-HSQC(40 MS)
1111HNHA
1121HNHB

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試料調製

試料状態pH: 5.5 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DiscoverMOLECULAR SIMULATIONS INC.精密化
DGII構造決定
Discover構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESIDUAL RESTRAINT VIOLATION ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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