PDB-1ves: Structure of New Antigen Receptor variable domain from sharks

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ves

タイトル

Structure of New Antigen Receptor variable domain from sharks

要素

New Antigen Receptor variable domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IG VNAR / 12Y-2

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Streltsov, V.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural evidence for evolution of shark Ig new antigen receptor variable domain antibodies from a cell-surface receptor
著者: Streltsov, V.A. / Varghese, J.N. / Carmichael, J.A. / Irving, R.A. / Hudson, P.J. / Nuttall, S.D.

履歴

登録	2004年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ves.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ves.ent.gz	47.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ves.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ves_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ves_full_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示
XML形式データ	1ves_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	1ves_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1ves ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1ves	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1verSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yku-d 1vf6-2 5udo-3 4h6i-2 5pod-1 1rj1-d 6ymj-3 4h6i-3 4pwt-1 6ymi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: New Antigen Receptor variable domain

B: New Antigen Receptor variable domain

25.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: New Antigen Receptor variable domain

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: New Antigen Receptor variable domain

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.283, 92.046, 98.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-136- HOH
2	1	B-193- HOH

#1: タンパク質	New Antigen Receptor variable domain / VNAR 分子量: 12531.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Orectolobus maculatus (クモハダオオセ) プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6X1E6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium citrate, 20% v/v iso-Propanol, 20% PEG4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月1日 / 詳細: AXCO MICROCAPILLARY FOCUSING OPTICS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→18.12 Å / Num. obs: 14981 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 32.5
反射シェル	解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.1.24	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 12Y-1 VNAR PDB ENTRY 1VER

1ver

解像度: 2.18→18.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 5.392 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24721	783	5 %	RANDOM
R_work	0.17574	-	-	-
all	0.17912	-	-	-
obs	0.17912	14981	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→18.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	0	358	2120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.958	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3	3716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.648	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.251	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.591	1.5	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.14	2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.826	3	684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.05	4.5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.179→2.235 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.311	46
R_work	0.225	1057

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.339	-0.1654	0.6888	4.7309	-0.6154	3.2713	0.1195	0.0442	-0.2338	-0.2682	0.0273	-0.3948	0.1461	0.1933	-0.1468	0.1096	0.0303	-0.0055	0.0299	-0.0341	0.1185	5.3834	33.1578	25.0745
2	3.2727	0.5719	0.1006	4.081	0.6479	5.0389	0.1393	-0.0589	-0.0029	0.1389	-0.3008	0.2593	-0.0779	-0.547	0.1615	0.1451	-0.0402	0.07	0.2403	-0.0394	0.104	-20.704	46.2053	38.5402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 113	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 113	1 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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