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- PDB-1vd0: Capsid stabilizing protein GPD, NMR, 20 Structures -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vd0
タイトルCapsid stabilizing protein GPD, NMR, 20 Structures
要素Head decoration protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus/Viral Protein / capsid protein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration / viral DNA genome packaging / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Virus Head Decoration Protein; Chain: A, / Head decoration protein D / Head decoration protein D superfamily / Head decoration protein D / Bacteriophage lambda head decoration protein D / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid decoration protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Iwai, H. / Forrer, P. / Pluckthun, A. / Guntert, P. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: NMR solution structure of the monomeric form of the bacteriophage lambda capsid stabilizing protein gpD.
著者: Iwai, H. / Forrer, P. / Pluckthun, A. / Guntert, P.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004
タイトル: Assignments of 1H and 15N Resonances of the Bacteriophage Lambda Capsid Stabilizing Protein gpD
著者: Iwai, H. / Forrer, P. / Pluckthun, A. / Guntert, P.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02022年3月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Head decoration protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4521
ポリマ－11,4521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Head decoration protein / GPD / Major capsid protein D


分子量: 11451.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / プラスミド: pAT101 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03712

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1222D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3mm 15N labelled GPD, 20mm sodium phosphate90% H2O/10% D2O
21.3mm GPD, 50mm sodium phosphate100% D2O
試料状態pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.17GUNTERT, P. ET AL.精密化
CYANA2.0.17GUNTERT, P. ET AL.構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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