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万見
- PDB-1vcr: An icosahedral assembly of light-harvesting chlorophyll a/b prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vcr
タイトルAn icosahedral assembly of light-harvesting chlorophyll a/b protein complex from pea thylakoid membranes
要素Chlorophyll a-b binding protein AB80
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LHC-II / Icosahedron / chlorophyll / antenna / photosystem
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll a-b binding protein AB80, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Hino, T. / Kanamori, E. / Shen, J.-R. / Kouyama, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: An icosahedral assembly of the light-harvesting chlorophyll a/b protein complex from pea chloroplast thylakoid membranes.
著者: Hino, T. / Kanamori, E. / Shen, J.R. / Kouyama, T.
履歴
登録2004年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月1日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorophyll a-b binding protein AB80
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,72813
ポリマ－24,9361
非ポリマー10,79212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)360.646, 360.646, 360.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.809017, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.809017, 0.30901699)
3generate(0.5, 0.80901699, 0.309017), (0.809017, -0.30901699, -0.5), (-0.309017, 0.5, -0.809017)
4generate(0.5, 0.809017, -0.30901699), (0.809017, -0.309017, 0.5), (0.309017, -0.5, -0.80901699)
5generate(0.80901699, 0.309017, -0.5), (0.309017, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.309017)

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要素

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein AB80 / LIGHT-HARVESTING CHLOROPHYLL A/B PROTEIN / LHCII type I CAB-AB80 / LHCP


分子量: 24936.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (マメ科) / 組織: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P07371
#2: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Potassium chloride, PEG4000, Xylitol, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL38B121
シンクロトロンSPring-8 BL40B231
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 9.5→500 Å / Num. all: 2534 / Num. obs: 2532 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 296 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 9.5→10.1 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Personal communication with Prof. W. Kuhlbrandt. Nature 367, 614-621, (1994)

解像度: 9.5→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.353 188 -RANDOM
Rwork0.379 ---
all-2241 --
obs-1935 86.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 296 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 9.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数496 0 300 0 796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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