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- PDB-1vch: Crystal Structure of a Phosphoribosyltransferase-related protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vch
タイトルCrystal Structure of a Phosphoribosyltransferase-related protein from Thermus thermophilus
要素Phosphoribosyltransferase-related protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Adenine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Phosphoribosyltransferase-related protein from Thermus thermophilus
著者: Rehse, P.H. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2004年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyltransferase-related protein
B: Phosphoribosyltransferase-related protein
C: Phosphoribosyltransferase-related protein
D: Phosphoribosyltransferase-related protein
E: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,24115
ポリマ－96,7835
非ポリマー45810
水6,720373
1
A: Phosphoribosyltransferase-related protein
B: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9046
ポリマ－38,7132
非ポリマー1914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
2
C: Phosphoribosyltransferase-related protein
D: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9447
ポリマ－38,7132
非ポリマー2315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
3
E: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子

E: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7844
ポリマ－38,7132
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
4
C: Phosphoribosyltransferase-related protein
D: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子

C: Phosphoribosyltransferase-related protein
D: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子

A: Phosphoribosyltransferase-related protein
B: Phosphoribosyltransferase-related protein
E: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子

A: Phosphoribosyltransferase-related protein
B: Phosphoribosyltransferase-related protein
E: Phosphoribosyltransferase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,48230
ポリマ－193,56710
非ポリマー91520
水18010
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_546x+1/2,y-1/2,z+11
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area21050 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area69860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.419, 61.405, 102.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-1006-

HOH

詳細The biological unit is a dimer. Chains A and B compose one, chains C and D a second, and chain E related to itself (crystallographic C2) composes the third.

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要素

#1: タンパク質
Phosphoribosyltransferase-related protein


分子量: 19356.676 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SHW7, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: MES, PEG 10K, CaAc, MeOH, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 / 波長: 0.976, 0.97935, 0.982, 0.97904, 0.973
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月4日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si111MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9761
30.979351
40.9821
50.979041
60.9731
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 80673 / Num. obs: 80673 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7693 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多波長異常分散
開始モデル: Partial structure from MAD data set

解像度: 1.94→44.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1594001.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3728 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 73828 95.8 %-
all-73828 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.8369 Å2 / ksol: 0.338478 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å23.61 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 0 6 389 6899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.022.5
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 587 5 %
Rwork0.288 11038 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ACY.PARAMACY.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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