PDB-1vb8: solution structure of vhr1, the first cyclotide from root tissue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vb8

タイトル

solution structure of vhr1, the first cyclotide from root tissue

要素

Viola hederacea root peptide 1

キーワード

PLANT PROTEIN / cyclotide / cystine knot / circular / Viola / CCK

機能・相同性

Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Root cyclotide 1

機能・相同性情報

生物種

Viola hederacea (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Trabi, M. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2004
タイトル: Tissue-specific expression of head-to-tail cyclized miniproteins in Violaceae and structure determination of the root cyclotide Viola hederacea root cyclotide1
著者: Trabi, M. / Craik, D.J.

履歴

登録	2004年2月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vb8.cif.gz	165 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vb8.ent.gz	136.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vb8_validation.pdf.gz	337.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vb8_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	1vb8_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	1vb8_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/1vb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/1vb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kux-d 2eri-d 1nbj-d 5x3c-d 6wqr-d 2b38-d 2knp-d 1jlp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Viola hederacea root peptide 1

3.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	Viola hederacea root peptide 1 / vhr1 分子量: 3136.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viola hederacea (植物) / 組織: roots / 参照: UniProt: P83937

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	1	TQF-COSY
2	5	1	2D TOCSY
2	6	1	DQF-COSY
1	7	2	2D NOESY
1	8	2	2D TOCSY
1	9	2	TQF-COSY
1	10	2	DQF-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM vhr1	70% H2O, 10% D2O, 20% acetonitrile-d3
2	1mM vhr1	80% D2O, 20% acetonitrile-d3

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	6	ambient	298 K
2	6	ambient	310 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR		Bruker	collection
GLXCC		Cieslar et al.	データ解析
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
CNS	1		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: final energy minimization in water shell

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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