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- PDB-1v74: Structure of the E. coli colicin D bound to its immunity protein ImmD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v74
タイトルStructure of the E. coli colicin D bound to its immunity protein ImmD
要素
  • Colicin D
  • Colicin D immunity protein
キーワードANTIBIOTIC/IMMUNE SYSTEM / colicin D - ImmD complex / cytotoxicity / transfer RNase / protein-protein inhibition / ANTIBIOTIC-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / RNA nuclease activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Colicin D / Colicin D immunity protein domain / Colicin D superfamily / Bacterial self-protective colicin-like immunity / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #200 / Colicin D, C-terminal / Colicin D, C-terminal domain superfamily / Colicin D / Colicin D/E5 nuclease domain superfamily / S-type Pyocin ...Colicin D / Colicin D immunity protein domain / Colicin D superfamily / Bacterial self-protective colicin-like immunity / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #200 / Colicin D, C-terminal / Colicin D, C-terminal domain superfamily / Colicin D / Colicin D/E5 nuclease domain superfamily / S-type Pyocin / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Roll / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-D immunity protein / Colicin-D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Graille, M. / Mora, L. / Buckingham, R.H. / van Tilbeurgh, H. / de Zamaroczy, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural inhibition of the colicin D tRNase by the tRNA-mimicking immunity protein
著者: Graille, M. / Mora, L. / Buckingham, R.H. / Van Tilbeurgh, H. / De Zamaroczy, M.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin D
B: Colicin D immunity protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6313
ポリマ－22,3922
非ポリマー2381
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.057, 62.057, 147.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is present in the asymetric unit

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要素

#1: タンパク質 Colicin D


分子量: 12320.763 Da / 分子数: 1 / 断片: colicin D catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pColD-CA23 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P17998
#2: タンパク質 Colicin D immunity protein / Microcin D immunity protein


分子量: 10071.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pJF129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11899
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.2161.37
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法830% PEG 400, 0.2M MgSO4, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.524% PEG 8000, 0.1M Na citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→99 Å / Num. all: 273269 / Num. obs: 20818 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1184 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.234 930 RANDOM
Rwork0.194 --
all-20299 -
obs-19396 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 16 195 1780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 139 -
Rwork0.23 --
obs-2950 89.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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