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- PDB-1v6r: Solution Structure of Endothelin-1 with its C-terminal Folding -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v6r
タイトルSolution Structure of Endothelin-1 with its C-terminal Folding
要素Endothelin-1
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / endothelin / a-helix / c-terminal folding / cardiovascular bioactive peptide / g-protein coupled-receptor ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endothelin A receptor binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance ...: / endothelin A receptor binding / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / cellular response to mineralocorticoid stimulus / histamine secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / leukocyte activation / body fluid secretion / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / rough endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of renal sodium excretion / : / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of odontogenesis / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / response to leptin / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / positive regulation of cation channel activity / axonogenesis involved in innervation / glomerular filtration / artery smooth muscle contraction / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / positive regulation of prostaglandin secretion / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of pH / positive regulation of smooth muscle contraction / basal part of cell / response to salt / positive regulation of hormone secretion / cellular response to toxic substance / positive regulation of urine volume / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of neutrophil chemotaxis / prostaglandin biosynthetic process / superoxide anion generation / cellular response to glucocorticoid stimulus / cartilage development / middle ear morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / response to testosterone / response to dexamethasone / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / cellular response to interleukin-1 / membrane depolarization / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of cell size / response to amino acid / canonical Wnt signaling pathway / regulation of vasoconstriction / positive regulation of heart rate / transport vesicle / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / positive regulation of endothelial cell migration / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAP kinase activity / response to amphetamine / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Peptide ligand-binding receptors
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Takashima, H. / Mimura, N. / Ohkubo, T. / Yoshida, T. / Tamaoki, H. / Kobayashi, Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Distributed Computing and NMR Constraint-Based High-Resolution Structure Determination: Applied for Bioactive Peptide Endothelin-1 To Determine C-Terminal Folding
著者: Takashima, H. / Mimura, N. / Ohkubo, T. / Yoshida, T. / Tamaoki, H. / Kobayashi, Y.
履歴
登録2003年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4981
ポリマ－2,4981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 32000structures with the lowest energy, target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Endothelin-1 / ET-1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide occurs naturally in humans.
参照: UniProt: P05305
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
1312D TOCSY

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試料調製

詳細内容: 2.5mM Endothelin-1 / 溶媒系: 90% H2O, 5% D2O, 5% deuterated acetic acid
試料状態イオン強度: 5% acetic acid / pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 297.7 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH2.0.6Schwieters, C.D.構造決定
XPLOR-NIH2.0.6Schwieters, C.D.精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Distributed Computing based structure calculation to explore the conformational space comprehensively.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 32000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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