+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v6k | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Peanut lectin-lactose complex in the presence of peptide(IWSSAGNVA) | |||||||||
![]() | Galactose-binding lectin | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / open quaternary association / orthorhombic / carbohydrate specificity / protein crystallography / agglutinin | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Kundhavai Natchiar, S. / Arockia Jeyaprakash, A. / Ramya, T.N.C. / Thomas, C.J. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural plasticity of peanut lectin: an X-ray analysis involving variation in pH, ligand binding and crystal structure. 著者: Kundhavai Natchiar, S. / Arockia Jeyaprakash, A. / Ramya, T.N. / Thomas, C.J. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Conformation, protein-carbohydrate interactions and a novel subunit association in the refined structure of peanut lectin-lactose complex 著者: Banerjee, R. / Das, K. / Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of the peanut lectin-lactose complex at acidic pH: retention of unusual quaternary structure, empty and carbohydrate bound combining sites, molecular mimicry and ...タイトル: Crystal structures of the peanut lectin-lactose complex at acidic pH: retention of unusual quaternary structure, empty and carbohydrate bound combining sites, molecular mimicry and crystal packing directed by interactions at the combining site 著者: Ravishankar, R. / Thomas, C.J. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 154.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24706.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: hanging drop method / pH: 4.6 詳細: PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M cacodylate pH 6.5, pH 4.6, Hanging drop method, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 48081 / Num. obs: 46230 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.119 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Num. unique all: 304 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Num. measured all: 190413 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.3 % / Num. unique obs: 2267 / Num. measured obs: 9336 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 521598.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.455 Å2 / ksol: 0.31938 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|