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万見
- PDB-1v6d: The crystal structure of the trypsin complex with synthetic heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v6d
タイトルThe crystal structure of the trypsin complex with synthetic heterochiral peptide
要素
  • PD(AIB)L(AIB)LA
  • Trypsin
キーワードHYDROLASE / Trypsin complex / synthetic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / METHYLAMINE / TERT-BUTYL FORMATE / Trypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shamaladevi, N. / Pattabhi, V.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2005
タイトル: Secondary binding site of trypsin: revealed by crystal structure of trypsin-peptide complex.
著者: Shamaladevi, N. / Pattabhi, V.
履歴
登録2003年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin
B: PD(AIB)L(AIB)LA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4246
ポリマ－24,1912
非ポリマー2324
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.930, 53.719, 77.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Trypsin


分子量: 23493.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質・ペプチド PD(AIB)L(AIB)LA


分子量: 697.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A heterochiral heptapeptide synthesized chemically.

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非ポリマー , 5種, 164分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-TBF / TERT-BUTYL FORMATE / TERTIARY BUTOXY CARBONYL / ぎ酸tert-ブチル


分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#6: 化合物 ChemComp-NME / METHYLAMINE / アミノメタントリイルラジカル


分子量: 31.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE NUMBERING ASSIGNED IN THE COORDINATE FILE IS ACCORDING TO CHYMOTRYPSIN NUMBERING IN ORDER TO ...THE NUMBERING ASSIGNED IN THE COORDINATE FILE IS ACCORDING TO CHYMOTRYPSIN NUMBERING IN ORDER TO MAINTAIN THE ACTIVE SITE RESIDUES NUMBER SAME IN THE SERINE FAMILY. NO RESIDUES ARE MISSING IN THE STRUCTURE DUE TO LACK OF DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2M ammonium sulphate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.28 Å / Num. all: 15129 / Num. obs: 15129 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique all: 15129 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QQU

1qqu


解像度: 1.9→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.848 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17849 740 4.9 %RANDOM
Rwork0.15324 ---
all0.15453 14361 --
obs0.15453 14361 94.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 12 162 1864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0211738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.5541.962341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.95633545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2713218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.0415290
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.420.3416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.31576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2020.51
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2540.5197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0650.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.8410.336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.5360.374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4270.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0680.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3971.51140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54521790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.443598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5274.5545
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.213 45
Rwork0.178 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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