PDB-1v60: Solution structure of BolA1 protein from Mus musculus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v60

タイトル

Solution structure of BolA1 protein from Mus musculus

要素

RIKEN cDNA 1810037G04

キーワード

Structural genomics / unknown function / stationary phase morphogene / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / mitochondrion / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BolA-like protein 1

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Kasai, T. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of BolA1 protein from Mus musculus
著者: Kasai, T. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2003年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v60.cif.gz	692 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v60.ent.gz	578.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1v60_validation.pdf.gz	343.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v60_full_validation.pdf.gz	504.3 KB	表示
XML形式データ	1v60_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	1v60_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/1v60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/1v60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1seh-d 2q2k-d 6mjk-d 2jmg-d 6guv-d 4xzf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmk001001055

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RIKEN cDNA 1810037G04

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	RIKEN cDNA 1810037G04 / BolA1 分子量: 12746.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell-free protein synthesis / プラスミド: pCR2.1 / 参照: UniProt: Q9D8S9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: 0.5mM U-13C,15N BolA1; 20mM sodium phosphate buffer, 100mM sodium chloride, 0.02% sodium azide, 1mM d-DTT; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.1	Delaglio	解析
NMRView	5.0.4	Johnson	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure are based on 3720 NOESY cross-peaks, 91 dihedral angle restraints and 22 hydrogen bond restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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