PDB-1v5z: Binding of coumarins to NAD(P)H:FMN oxidoreductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v5z

タイトル

Binding of coumarins to NAD(P)H:FMN oxidoreductase

要素

Major NAD(P)H-flavin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FMN oxidoreductase / inhibitor / o-coumaric acid / 4-hydroxycoumarin

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; その他が電子受容体 / bioluminescence / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aliivibrio fischeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kobori, T. / Koike, H. / Sasaki, H. / Zenno, S. / Saigo, K. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding of coumarins to NAD(P)H:FMN oxidoreductase
著者: Kobori, T. / Koike, H. / Sasaki, H. / Zenno, S. / Saigo, K. / Tanokura, M.

履歴

登録	2003年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v5z.cif.gz	102.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v5z.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1v5z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v5z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1v5z_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	1v5z_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/1v5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/1v5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v5yC 1vfr C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v5y-d 3rv7-2 4eay-1 5f8b-1 6k55-2 3x22-d 6wcn-d 3rv8-2 1mu9-1 3wq8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major NAD(P)H-flavin oxidoreductase

B: Major NAD(P)H-flavin oxidoreductase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.60, 63.30, 74.40
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Major NAD(P)H-flavin oxidoreductase / FRASE I / NAD(P)H:FMN oxidoreductase 分子量: 24624.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri (バクテリア) 遺伝子: FRaseI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P46072, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-2HC / (2E)-3-(2-HYDROXYPHENYL)ACRYLIC ACID / TRANS-2-HYDROXYCINNAMIC ACID / O-COUMARIC ACID 分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	283	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6B	2	1

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
直接法	モデル構築
X-PLOR	精密化
直接法	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→10 Å / R_factor R_free: 0.248 / R_factor R_work: 0.201 / R_factor obs: 0.201

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3468	0	86	160	3714

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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