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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v5b
タイトルThe Structure Of The Mutant, S225A and E251L, Of 3-Isopropylmalate Dehydrogenase From Bacillus Coagulans
要素3-isopropylmalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-isopropylmalate dehydrogenase / IPMDH / mutant / S225A/E251L / Bacillus coagulans / homo dimer / X-ray analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus coagulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Fujita, K. / Minami, H. / Suzuki, K. / Tsunoda, M. / Sekiguchi, T. / Mizui, R. / Tsuzaki, S. / Nakamura, S. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a highly thermo-stabilized mutant of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Bacillus coagulans: An evaluation of local packing density in the hydrophobic core
著者: Fujita, K. / Tsuchiya, D. / Adachi, W. / Suzuki, K. / Tsunoda, M. / Minami, H. / Sekiguchi, T. / Kobayashi, N. / Mizui, R. / Tsuzaki, S. / Nakamura, S. / Takenaka, A.
履歴
登録2003年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The asymmetric unit contains four homo-dimeric enzymes, alpha composed of two subunits A and B, beta C and D, gamma E and F and delta G and H. To form a tetrameric cluster as described in the paper, alpha and beta should be converted by a symmetry code (iii) and gamma should be converted by a symmetry code (iv). Symmetry code (iii):1-x, y-1/2, 1/2-z Symmetry code (iv):x+1/2, 3/2-y, 1-z In addition, the cluster should be converted by 1-x,1/2-y,z.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
B: 3-isopropylmalate dehydrogenase
C: 3-isopropylmalate dehydrogenase
D: 3-isopropylmalate dehydrogenase
E: 3-isopropylmalate dehydrogenase
F: 3-isopropylmalate dehydrogenase
G: 3-isopropylmalate dehydrogenase
H: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,26813
ポリマ－317,7888
非ポリマー4805
水3,783210
1
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
B: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5433
ポリマ－79,4472
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27620 Å2
手法PISA
2
C: 3-isopropylmalate dehydrogenase
D: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5433
ポリマ－79,4472
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27350 Å2
手法PISA
3
E: 3-isopropylmalate dehydrogenase
F: 3-isopropylmalate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4472
ポリマ－79,4472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27530 Å2
手法PISA
4
G: 3-isopropylmalate dehydrogenase
H: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7355
ポリマ－79,4472
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.200, 241.300, 114.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3-isopropylmalate dehydrogenase


分子量: 39723.438 Da / 分子数: 8 / 変異: S225A, E251L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus coagulans (バクテリア) / プラスミド: pUCBCO, pUC118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12010, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: OXFORD PX210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→44.45 Å / Num. all: 136367 / Num. obs: 74349 / % possible obs: 90.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AYQ

2ayq


解像度: 2.95→44.45 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 7339 RANDAM
Rwork0.2142 --
all-72813 -
obs-65474 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21650 0 25 210 21885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007575
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44599
LS精密化 シェル解像度: 2.95→2.99 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3556 286
Rwork0.2866 -
obs-2404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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