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万見
- PDB-1v4p: Crystal structure of Alanyl-tRNA Synthetase from Pyrococcus horik... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v4p
タイトルCrystal structure of Alanyl-tRNA Synthetase from Pyrococcus horikoshii OT3
要素alanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / alanyl-tRNA synthetase / alanine-tRNA ligase / Pyrococcus horikoshii / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #20 / Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanyl-tRNA editing protein AlaX-S
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ishijima, J. / Yutani, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of alanyl-tRNA synthetase editing-domain homolog (PH0574) from a hyperthermophile, Pyrococcus horikoshii OT3 at 1.45 A resolution
著者: Ishijima, J. / Uchida, Y. / Kuroishi, C. / Tuzuki, C. / Takahashi, N. / Okazaki, N. / Yutani, K. / Miyano, M.
履歴
登録2003年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alanyl-tRNA synthetase
B: alanyl-tRNA synthetase
C: alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7456
ポリマ－54,5493
非ポリマー1963
水10,791599
1
A: alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2482
ポリマ－18,1831
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2482
ポリマ－18,1831
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2482
ポリマ－18,1831
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: alanyl-tRNA synthetase
C: alanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4974
ポリマ－36,3662
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.802, 97.861, 60.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 alanyl-tRNA synthetase


分子量: 18183.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58307, alanine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 4000, pH 6.3, Microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B111
シンクロトロンSPring-8 BL26B121.0, 0.9792, 0.9795
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2003年10月3日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2003年10月31日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97921
30.97951
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 88112 / Num. obs: 88112 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8751 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→38.04 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4409 -random
Rwork0.206 ---
all0.207 87972 --
obs0.207 87972 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----1.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→38.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 3 599 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.297
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0045
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.46 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3006 94
Rwork0.2795 -
obs-1680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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