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- PDB-1v4k: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v4k
タイトルCrystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima S77F mutant
要素octoprenyl-diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / trans-type prenyltransferase / thermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Octoprenyl-diphosphate synthase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima and Mechanism of Product Chain Length Determination
著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of octaprenyl pyrophosphate synthase crystals from Thermotoga maritima and Escherichia coli
著者: Guo, R.T. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Chu, H.M. / Tsai, Y.H. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2003年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: octoprenyl-diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5377
ポリマ－33,9601
非ポリマー5766
水6,071337
1
A: octoprenyl-diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: octoprenyl-diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,07414
ポリマ－67,9212
非ポリマー1,15312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_557-y,-x,-z+21
Buried area4370 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
2
A: octoprenyl-diphosphate synthase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,29456
ポリマ－271,6838
非ポリマー4,61148
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_557-x,y,-z+21
crystal symmetry operation6_557x,-y,-z+21
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
crystal symmetry operation8_557-y,-x,-z+21
Buried area31750 Å2
ΔGint-808 kcal/mol
Surface area89010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.828, 151.828, 64.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1007-

HOH

21A-1017-

HOH

31A-1044-

HOH

41A-1045-

HOH

51A-1257-

HOH

61A-1259-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 octoprenyl-diphosphate synthase / octaprenyl pyrophosphate synthase


分子量: 33960.434 Da / 分子数: 1 / 変異: S77F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: PET32XA-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1M1, EC: 2.5.1.11
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Na+Hepes, lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.1 %Triton X-1001drop
30.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
41.5 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 14277 / Num. obs: 13817 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.94 % / Biso Wilson estimate: 43.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 123482
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V4E

1v4e


解像度: 2.45→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2802 637 -RANDOM
Rwork0.2109 ---
all-14277 --
obs-12263 85.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.43 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 30 337 2575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0047
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.163
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rfactor Rfree: 0.2989 / Rfactor Rwork: 0.2316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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