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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v4h | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima F52A mutant | ||||||
![]() | octoprenyl-diphosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / trans-type prenyltransferase / thermophilic | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima and Mechanism of Product Chain Length Determination 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #1: ![]() タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of octaprenyl pyrophosphate synthase crystals from Thermotoga maritima and Escherichia coli 著者: Guo, R.T. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Chu, H.M. / Tsai, Y.H. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 8|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33824.242 Da / 分子数: 1 / 変異: F52A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET32XA-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na+Hepes, lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 9757 / Num. obs: 9680 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.27 % / Biso Wilson estimate: 52.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 32.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 4.27 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 89703 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.45 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1V4E 解像度: 2.8→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.79 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati sigma a obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.3416 / Rfactor Rwork: 0.2793 | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |