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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v3j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of F283L mutant cyclodextrin glycosyltransferase | ||||||
![]() | Cyclomaltodextrin glucanotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CGTASE / CYCLODEXTRIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanai, R. / Haga, K. / Akiba, T. / Yamane, K. / Harata, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of Phe283 in enzymatic reaction of cyclodextrin glycosyltransferase from alkalophilic Bacillus sp.1011: Substrate binding and arrangement of the catalytic site 著者: Kanai, R. / Haga, K. / Akiba, T. / Yamane, K. / Harata, K. #1: ![]() タイトル: X-ray Structure of Cyclodextrin Glucano-transferase from Alkalophilic Bacillus Sp. 1011. Comparison of Two Independent Molecules at 1.8 Angstrom Resolution 著者: Harata, K. / Haga, K. / Nakamura, A. / Aoyagi, M. / Yamane, K. #2: ![]() タイトル: Effects of essential carbohydrate/aromatic stacking interaction with Tyr100 and Phe259 on substrate binding of cyclodextrin glycosyltransferase from alkalophilic Bacillus sp. 1011 著者: Haga, K. / Kanai, R. / Sakamoto, O. / Aoyagi, M. / Harata, K. / Yamane, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 284.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75196.070 Da / 分子数: 2 / 変異: F283L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05618, cyclomaltodextrin glucanotransferase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG3000, SODIUM CITRATE, 2-PROPANOL, CALCIUM CHLORIDE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年9月27日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→29.1 Å / Num. obs: 102927 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 8.98 / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.012 / Num. unique all: 202 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PAM 解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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