PDB-1v1p: The structure SSL from Staphylococcus Aureus from an orthorhombic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v1p

タイトル

The structure SSL from Staphylococcus Aureus from an orthorhombic crystal form

要素

(Exotoxin 1) x 2

キーワード

VIRULENCE FACTOR / ANTIGEN PRESENTING CELL / SECRETED PROTEIN / STAPHYLOCOCCAL EXOTOXIN 1 / SET1 / SUPERANTIGEN / OB-FOLD / {BETA}-GRASP

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Briggs, D.C. / Naylor, C.E.

引用

ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2004
タイトル: Structural Relationships and Cellular Tropism of Staphylococcal Superantigen-Like Proteins
著者: Al-Shangiti, A. / Naylor, C.E. / Nair, S. / Briggs, D.C. / Henderson, B. / Chain, B.

履歴

登録	2004年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v1p.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v1p.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1v1p_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v1p_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	1v1p_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	1v1p_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v1oC 1m4vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1v1o-d 5kty-d 6t8d-d 280 5mk1-2 6w1w-1 4igb-3 7a26-4 4k1p-1 1923 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exotoxin 1

B: Exotoxin 1

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.653, 71.598, 103.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999932, -0.011239, 0.003138), (0.010826, -0.793178, 0.608894), (-0.004354, 0.608886, 0.793246)
ベクター: 174.44279, -1.514, 0.7045)

詳細

THE ABOVE OLIGOMERIC STATE WAS DETERMINED FROM THEDEPOSITED COORDINATES USING THE PROTEIN QUATERNARYSTRUCTURE (PQS) ALGORITHM. HOWEVER, THE AUTHORS OF THISPDB ENTRY STRESS THAT THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT STATEFOR THIS ENTRY IS UNKNOWN AT THE TIME OF DEPOSITION.

#1: タンパク質	Exotoxin 1 分子量: 24234.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: set1, ERS072840_02173, NCTC7878_00468 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109(PREP4) / 参照: UniProt: Q9ZFS5
#2: タンパク質	Exotoxin 1 分子量: 24478.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: set1, ERS072840_02173, NCTC7878_00468 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109(PREP4) / 参照: UniProt: Q9ZFS5
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SIGNAL SEQUENCE REMOVED, HIS-TAG ADDED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1M TRICINE BUFFER @PH 8.5, 28% (W/V) PEG2K, 0.1M LITHIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月15日 / 詳細: GE(220) AND A MULTILAYER
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111),GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→31.01 Å / Num. obs: 11074 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.92213 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 4.5902
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M4V

1m4v

解像度: 2.7→58.722 Å / SU B: 17.44 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3007	557	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2318	-	-	-
obs	0.23526	10479	99.92 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→58.722 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3043	0	0	24	3067

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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