PDB-1v14: Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v14

タイトル

Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A)

要素

5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'
COLICIN E9

キーワード

HYDROLASE / HOMING ENDONUCLEASES / COLICIN / HNH MOTIF / BETA-BETA-ALPHA METAL MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Mate, M.J. / Kleanthous, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure-Based Analysis of the Metal-Dependent Mechanism of H-N-H Endonucleases
著者: Mate, M.J. / Kleanthous, C.

履歴

登録	2004年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v14.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v14.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1v14_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v14_full_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示
XML形式データ	1v14_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	1v14_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v13C 1v15C 1emvS 1bxi 1fr2 1fsj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v15-4 1v15-2 5c6h-13 6bid-d 4pmr-d 6jbp-d 5a0g-6 5c00-4 2z2d-d 1of4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COLICIN E9

B: COLICIN E9

C: COLICIN E9

D: COLICIN E9

E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

G: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

H: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

I: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

J: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

K: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

L: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

79.8 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COLICIN E9

E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COLICIN E9

G: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

H: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: COLICIN E9

I: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

J: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: COLICIN E9

K: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

L: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP)-3'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.946, 124.442, 111.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-2001- HOH

#1: タンパク質	COLICIN E9 分子量: 15052.951 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PTRC 99A (PRJ352) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09883, deoxyribonuclease I
#2: DNA鎖	5'-D(GPCPGPAPTPCPGPCP)-3' 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE ALA 103 HIS THIS PLASMID-CODED BACTERICIDAL PROTEIN IS AN ENDONUCLEASE ACTIVE ON ...ENGINEERED RESIDUE ALA 103 HIS THIS PLASMID-CODED BACTERICIDAL PROTEIN IS AN ENDONUCLEASE ACTIVE ON BOTH SINGLE- AND DOUBLE-STRANDED DNA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9465
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9465 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→70 Å / Num. obs: 14593 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.9→3.12 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0001	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMV

1emv

解像度: 2.9→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 52.69 / SU ML: 0.459 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.561 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.306	734	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.219	13856	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4153	1136	6	33	5328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	2.216	7637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.924	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.857	24.372	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.756	15	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.446	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.175	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.26	1.5	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.488	2	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.7	3	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.185	4.5	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.42	54
R_work	0.303	1013

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1455	1.6817	-0.9609	4.2908	0.276	2.8333	-0.0697	0.5664	1.5291	-0.4044	-0.0034	0.256	-0.5706	0.1411	0.0732	0.1361	-0.1432	-0.225	-0.1628	0.4103	0.4732	48.173	79.0971	68.371
2	8.9067	2.1477	-0.0566	6.598	0.3077	2.9232	-0.2113	-1.2681	-0.1351	0.4662	0.3042	-0.8144	-0.1014	0.8599	-0.0928	-0.2258	0.179	-0.0713	0.3076	0.0123	-0.3568	75.3578	77.1069	43.3288
3	4.9259	-0.677	-1.8338	6.6432	0.0211	3.8321	0.1187	-0.6753	1.2018	0.258	0.179	0.1818	-0.6998	-0.1454	-0.2978	-0.0619	0.0087	-0.0127	-0.2652	-0.2197	-0.1327	44.5942	104.0138	42.8816
4	8.6971	-2.7432	0.2671	5.5971	0.1228	3.8709	-0.0519	0.4668	-0.0893	-0.4509	-0.3502	-1.0426	0.2258	0.5467	0.4021	-0.2757	-0.0323	0.0894	-0.124	0.1019	-0.2535	75.7421	72.737	12.5576
5	6.2947	-3.3169	-1.4427	4.4235	1.5031	1.9208	-0.676	0.1807	1.1491	0.2806	0.0498	-0.2223	-0.2441	0.5136	0.6262	-0.0927	-0.1736	-0.1907	-0.3064	0.2601	0.0363	57.5158	66.6069	75.1671
6	6.5558	-0.4343	-3.9659	2.2073	0.1782	2.8513	0.0402	-0.2316	0.6451	-0.4614	0.1582	0.0371	-0.334	0.3226	-0.1984	-0.2369	0.0456	-0.147	-0.244	-0.0702	-0.4146	63.2128	85.7433	35.9847
7	4.9116	3.6097	-1.5164	2.9962	-1.3408	5.1731	-0.2122	0.2042	0.5469	-0.4074	-0.0319	0.5404	0.087	-0.4261	0.2441	-0.2091	0.0611	-0.0773	-0.4688	-0.0729	-0.261	35.2912	91.5167	35.8277
8	6.9117	-0.2474	1.8546	1.1552	-0.6298	1.2381	-0.1551	-0.2282	-1.2455	0.2995	-0.0776	-0.0497	0.3957	0.0202	0.2327	-0.2151	-0.0769	0.1605	-0.3454	-0.051	-0.1354	63.3384	63.5769	19.8433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	9 - 16
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 8
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	9 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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