PDB-1v11: CROSSTALK BETWEEN COFACTOR BINDING AND THE PHOSPHORYLATION LOOP C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v11

タイトル

CROSSTALK BETWEEN COFACTOR BINDING AND THE PHOSPHORYLATION LOOP CONFORMATION IN THE BCKD MACHINE

要素

(2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / KETOACID DEHYDROGENASE / BRANCHED-CHAIN / MULTI-ENZYME COMPLEX / ACYLATION / OXIDATIVE DECARBOXYLATION / MAPLE SYRUP URINE DISEASE / THIAMINE PHOSPHATE / PHOSPHORYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

Loss-of-function mutations in BCKDHA or BCKDHB cause MSUD / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase activity / branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / Loss-of-function mutations in DBT cause MSUD2 / Loss-of-function mutations in DLD cause MSUD3/DLDD / H139Hfs13* PPM1K causes a mild variant of MSUD / Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase deficiency / branched-chain amino acid catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Li, J. / Wynn, R.M. / Machius, M. / Chuang, J.L. / Karthikeyan, S. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Cross-Talk between Thiamin Diphosphate Binding and Phosphorylation Loop Conformation in Human Branched-Chain {Alpha}-Keto Acid Decarboxylase/Dehydrogenase
著者: Li, J. / Wynn, R.M. / Machius, M. / Chuang, J.L. / Karthikeyan, S. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

履歴

登録	2004年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年9月25日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.0	2021年8月4日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v11.cif.gz	172.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v11.ent.gz	133.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1v11_validation.pdf.gz	795.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v11_full_validation.pdf.gz	804.4 KB	表示
XML形式データ	1v11_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	1v11_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v16C 1v1mC 1v1rC 1olsS 1dtw 1olu 1olx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x7x-1 1dtw-1 1v16-1 1x80-1 2bfc-1 2bfe-1 1x7w-1 2bff-1 1olx-1 1x7z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.505, 145.505, 69.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2185- HOH

-
2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT ALPHA CHAIN / ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT ALPHA CHAIN / BCKDH E1-ALPHA / BCKDE1A 分子量: 45417.914 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 参照: UniProt: P12694, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)
#2: タンパク質	2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT BETA CHAIN / ...MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT BETA CHAIN / BCKDH E1-BETA 分子量: 37902.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 参照: UniProt: P21953, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

#1: タンパク質

2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT ALPHA CHAIN / ...

分子量: 45417.914 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES
プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21
参照: UniProt: P12694, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

#2: タンパク質

2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT / MITOCHONDRIAL PRECURSOR / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 / COMPONENT BETA CHAIN / ...

分子量: 37902.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: EXPRESSION SYSTEM USED BL-21 CELLS WITH OVEREXPRESSING GROEL AND GROES
プラスミド: PTRC-ALPHA-BETAHIS / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21
参照: UniProt: P21953, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)

-
非ポリマー , 7種, 542分子

#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#7: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ARG 332 TO ALA FUNCTION: THE BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ...ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, ARG 332 TO ALA FUNCTION: THE BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO DEHYDROGENASE COMPLEX CATALYZES THE OVERALL CONVERSION OF ALPHA-KETO ACIDS TO ACYL-COA AND CO(2).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) GLYCEROL) WITH WELL SOLUTION (1.4-1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.8, 20 MM B-MERCAPTOETHANOL). SERIALLY DILUTED CRUSHED CRYSTALS WERE USED FOR MICRO-SEEDING ONE DAY AFTER THE DROPS WERE SET UP. CRYSTALS APPEARED ONE DAY AFTER SEEDING AND GREW TO A MAXIMUM SIZE OF 120 X 800 UM WITHIN 10 DAYS. CRYSTALS WERE STABILIZED FOR 12 HOURS BY TRANSFER TO FRESH WELL SOLUTION. THEY WERE THEN CRYO-PROTECTED BY STEP-WISE TRANSFER INTO CRYO-BUFFER CONTAINING 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM HEPES, PH 7.5, 100 MM NA-CITRATE, PH 5.8, 100 MM KCL, 50 MM DTT AND UP TO 20% (V/V) GLYCEROL. IT WAS FOUND THAT MN2+ IONS COULD REPLACE THE MG2+ REQUIRED FOR THE BINDING OF THDP TO THE ENZYME.

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20C VIA THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF PROTEIN (20-25 MG/ML IN 50 MM HEPES/NAOH, PH 7.5, 250 MM KCL, 0.5 MM PMSF, 1 MM BENZAMIDINE AND 5% (V/V) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00691
検出器	検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00691 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→33.35 Å / Num. obs: 61649 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OLS

1ols

解像度: 1.95→27.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.456 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.171	1486	2.4 %	RANDOM
R_work	0.138	-	-	-
obs	0.139	60094	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5581	0	61	529	6171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	5849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	1.952	7940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.46	3	12061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.107	5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	5939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.288	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	1.5	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.835	2	5773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.972	3	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.808	4.5	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.214	96
R_work	0.184	4408

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8093	0.1625	-1.0175	-0.1301	-0.4105	0.1609	0.0399	-0.0647	0.0255	-0.0017	0.1163	0.4589	-0.2505	-0.1692	-0.1561	0.0798	-0.0089	0.015	0.0783	0.0456	0.0963	48.694	-6.384	31.845
2	0.3105	-0.0114	0.0635	0.1587	-0.1249	0.328	0.0072	0.0434	-0.001	-0.0134	0.0343	0.0314	-0.051	-0.0354	-0.0415	0.0849	0.015	-0.0047	0.0456	-0.0008	0.0775	65.294	16.205	5.627
3	0.4585	-0.4369	-0.0979	0.4279	0.0227	0.1393	-0.0073	0.0339	0.1208	-0.0241	-0.0521	-0.0868	-0.1185	0.11	0.0594	0.0553	-0.061	0.021	0.0942	0.0214	0.0817	101.596	18.666	7.151
4	-10.9602	-13.2237	-4.6091	30.5142	-2.6727	4.0097	0.2185	0.3771	0.3706	0.8807	0.3377	-0.1377	-0.0561	0.4096	-0.5562	0.0826	0	-0.0005	0.0824	0	0.0823	100.404	3.073	50.49
5	0.1172	-0.026	0.0424	0.1277	-0.1073	0.3493	0.0091	-0.0143	0.0173	0.0365	-0.0131	-0.0066	-0.068	0.0483	0.004	0.0958	-0.0178	-0.0045	0.0501	-0.0283	0.08	84.475	12.382	34.958
6	0.2362	-0.06	-0.026	0.3798	-0.0255	0.3823	0.0101	-0.0399	-0.0034	0.0656	-0.0284	-0.0871	-0.0267	0.1502	0.0183	0.0314	-0.0267	-0.0389	0.1157	-0.0051	0.078	106.905	3.735	37.526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 355
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	356 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1002 - 1007
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1014 - 1191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1192 - 1342

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 542分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 542分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 542分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)