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- PDB-1v0v: Phospholipase D from Streptomyces sp. strain PMF soaked with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v0v
タイトルPhospholipase D from Streptomyces sp. strain PMF soaked with the substrate dibutyrylphosphatidylcholine.
要素PHOSPHOLIPASE D
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOLIPASE D / SUBSTRATE SOAK / DIBUTYRYLPHOSPHATIDYLCHOLINE / DIC4PC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidyltransferase activity / cardiolipin biosynthetic process / phospholipase D / phospholipase D activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHITE ION / Phospholipase D
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Leiros, I. / McSweeney, S. / Hough, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Reaction Mechanism of Phospholipase D from Streptomyces Sp. Strain Pmf. Snapshots Along the Reaction Pathway Reveal a Pentacoordinate Reaction Intermediate and an Unexpected Final Product
著者: Leiros, I. / Mcsweeney, S. / Hough, E.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: The First Crystal Structure of a Phospholipase D
著者: Leiros, I. / Secundo, F. / Zambonelli, C. / Servi, S. / Hough, E.
履歴
登録2004年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1432
ポリマ－54,0641
非ポリマー791
水8,323462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.450, 56.750, 68.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE D


分子量: 54064.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) STREPTOMYCES SP. (バクテリア) / 株: PMF / 参照: UniProt: P84147*PLUS, phospholipase D
#2: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS DATASET DESCRIBES AN 8 DAY SUBSTRATE SOAK USING 2MM DIBUTYRYLPHOSPHATIDYLCHOLINE. A PHOSPHATE ...THIS DATASET DESCRIBES AN 8 DAY SUBSTRATE SOAK USING 2MM DIBUTYRYLPHOSPHATIDYLCHOLINE. A PHOSPHATE IS FOUND TO BE COVALENTLY LINKED TO AN ACTIVE SITE HISTIDINE, SUGGESTING THAT THE CATALYTIC REACTION CAN PROCEED BEYOND THAT OF PRODUCT FORMATION, AND THAT, IN FACT THE PRODUCT CAN REENTER THE ACTIVE SITE TO BE FURTHER PROCESSED.
配列の詳細THIS SEQUENCE HAS NOT BEEN DEPOSITED TO UNIPROT AT THE TIME OF STRUCTURE DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化pH: 5.4
詳細: 0.2 M NH4AC, 0.1 M CITRATE PHOSPHATE BUFFER AT PH5.4, 27.5% PEG 4000. CRYSTALS WERE THEREAFTER BACKSOAKED TWICE IN A PHOSPHATE- FREE BUFFER TO REMOVE TRACE-AMOUNTS OF PHOSPHATE., pH 5.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→69.01 Å / Num. obs: 41858 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BASED ON PDB ENTRY 1F0I

1f0i


解像度: 1.7→69.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.193 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS ATOMS THAT HAVE BEEN MODELED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2229 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.164 41858 90.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å2-1.06 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→69.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 4 462 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg21.9495086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98637675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9245486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.23809
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22048
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0931.52441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81623904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67831286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1174.51182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.261 100
Rwork0.209 1940

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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