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- PDB-1uzh: A CHIMERIC CHLAMYDOMONAS, SYNECHOCOCCUS RUBISCO ENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uzh
タイトルA CHIMERIC CHLAMYDOMONAS, SYNECHOCOCCUS RUBISCO ENZYME
要素(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ...) x 2
キーワードLYASE / RUBISCO / PHOTOSYNTHESIS / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTORESPIRATION / OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / CHLOROPLAST / TRANSIT PEPTIDE / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
SYNECHOCOCCUS SP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Karkehabadi, S. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Chimeric Small Subunits Influence Catalysis without Causing Global Conformational Changes in the Crystal Structure of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
著者: Karkehabadi, S. / Peddi, S.R. / Anwaruzzaman, M. / Taylor, T.C. / Cederlund, A. / Genkov, T. / Andersson, I. / Spreitzer, R.J.
履歴
登録2004年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年12月18日Group: Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_status
Item: _entity.src_method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle ...entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
J: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
R: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
W: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,10282
ポリマ－535,95516
非ポリマー6,14766
水51,0002831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)220.820, 223.969, 111.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31E
41H
51K
61O
71R
81V
12I
22C
32F
42J
52P
62T
72M
82W

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUAA12 - 47512 - 475
21GLYGLYLEULEUBB12 - 47512 - 475
31GLYGLYLEULEUED12 - 47512 - 475
41GLYGLYLEULEUHF12 - 47512 - 475
51GLYGLYLEULEUKI12 - 47512 - 475
61GLYGLYLEULEUOK12 - 47512 - 475
71GLYGLYLEULEURM12 - 47512 - 475
81GLYGLYLEULEUVO12 - 47512 - 475
12METMETVALVALIG1 - 1221 - 122
22METMETVALVALCC1 - 1221 - 122
32METMETVALVALFE1 - 1221 - 122
42METMETVALVALJH1 - 1221 - 122
52METMETVALVALPL1 - 1221 - 122
62METMETVALVALTN1 - 1221 - 122
72METMETVALVALMJ1 - 1221 - 122
82METMETVALVALWP1 - 1221 - 122

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9501, 0.303, 0.07433), (0.3029, -0.9529, 0.01175), (0.07439, 0.01136, -0.9972)-12.68, 68.85, 51.71
2given(-0.3024, 0.9532, 0.001929), (0.9532, 0.3024, 0.001161), (0.000523, 0.002189, -1)41.8, -30.84, 57.09
3given(-0.9534, -0.3014, 0.01301), (-0.3016, 0.9508, -0.07126), (0.009109, -0.07186, -0.9974)141.60001, 23.96, 59.81
4given(0.000223, 0.9973, -0.07319), (-0.9999, -0.000675, -0.01224), (-0.01226, 0.07319, 0.9972)22.08, 111.6, -2.458
5given(0.007167, -0.9999, -0.01476), (0.9975, 0.006105, 0.07081), (-0.07071, -0.01523, 0.9974)111.2, -22.26, 5.478
6given(-0.9966, -0.003438, -0.08292), (-0.001574, -0.9982, 0.0603), (-0.08298, 0.06022, 0.9947)133.5, 89.63, 2.841
7given(0.3034, -0.9493, 0.08198), (-0.9493, -0.3086, -0.0604), (0.08264, -0.05949, -0.9948)86.64, 123.8, 54.3
8given(0.9484, 0.3076, 0.07617), (0.3079, -0.9514, 0.008797), (0.07517, 0.01511, -0.9971)-12.83, 68.61, 51.54
9given(-0.3064, 0.9519, 0.001248), (0.9519, 0.3064, 4.4E-5), (-0.00034, 0.001202, -1)42.11, -30.79, 57.17
10given(-0.952, -0.3056, 0.01431), (-0.3058, 0.9491, -0.07475), (0.009259, -0.07554, -0.9971)141.7, 24.46, 59.98
11given(0.003915, 0.9972, -0.07474), (-1, 0.003271, -0.008736), (-0.008467, 0.007478, 0.9972)21.9, 111.3, -2.749
12given(-0.000288, -0.9999, -0.01538), (0.9972, -0.001435, 0.07465), (-0.07466, -0.01531, 0.9971)111.7, -21.88, 5.743
13given(-0.9967, -0.002425, -0.08124), (-0.002427, -0.9982, 0.05957), (-0.08124, 0.05957, 0.9949)133.39999, 89.75, 2.764
14given(0.3028, -0.9493, 0.08405), (-0.9496, -0.308, -0.05807), (0.08101, -0.06223, -0.9948)86.72, 123.8, 54.66
詳細FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350

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要素

-
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ... , 2種, 16分子 ABEHKORVCFIJMPTW

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT / RIBULOSE-1 / 5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN


分子量: 52696.840 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス), (組換発現) SYNECHOCOCCUS SP (バクテリア)
発現宿主: SYNECHOCOCCUS SP (バクテリア) / 参照: UniProt: P00877, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 2, RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1 / CHLOROPLAST / RUBISCO SMALL SUBUNIT 2 / OXYGENASE / RIBULOSE-1 / 5 ...RUBISCO SMALL SUBUNIT 1 / CHLOROPLAST / RUBISCO SMALL SUBUNIT 2 / OXYGENASE / RIBULOSE-1 / 5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE


分子量: 14297.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LOOP BA-BB OF SMALL SUBUNIT CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES E47 - R71 HAS BEEN REPLACED WITH THE CORRESPONDING LOOP OF SYNECHOCOCCUSS, RESIDUES H47 - F53
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
発現宿主: CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
参照: UniProt: P00873, UniProt: P04716, ribulose-bisphosphate carboxylase

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 2889分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS SP (バクテリア) / 発現宿主: SYNECHOCOCCUS SP (バクテリア)
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細RUBISCO CATALYZES TWO REACTIONS: THE CARBOXYLATION OF D- RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE, THE PRIMARY ...RUBISCO CATALYZES TWO REACTIONS: THE CARBOXYLATION OF D- RIBULOSE 1,5-BISPHOSPHATE, THE PRIMARY EVENT IN PHOTOSYNTHETIC CARBON DIOXIDE FIXATION, AS WELL AS THE OXIDATIVE FRAGMENTATION OF THE PENTOSE SUBSTRATE IN THE PHOTORESPIRATION PROCESS. BOTH REACTIONS OCCUR SIMULTANEOUSLY AND IN COMPETITION AT THE SAME ACTIVE SITE.
配列の詳細LOOP BA-BB OF SMALL SUBUNIT CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES 47 - 71 (ADKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDNR) HAS ...LOOP BA-BB OF SMALL SUBUNIT CHLAMYDOMONAS RUBISCO, RESIDUES 47 - 71 (ADKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDNR) HAS BEEN REPLACED WITH THE CORRESPONDING LOOP OF SYNECHOCOCCUSS RUBISCO, RESIDUES 47 - 53 (HSNPEEF). SINCE THIS LOOP IN RUBISCO FROM SYNECHOCOCCUSS IS SMALLER, THE NUMBERING OF THE SMALL SUBUNIT IN THE COORDINATE FILE HAS BEEN CHANGED IN ORDER TO BE CONSEQUTIVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 277345 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 8.65
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK8

1gk8


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.913 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 12557 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.162 237038 89.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37215 0 376 2831 40422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02138620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.95252270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.88954706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.25536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0229648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.219454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.23178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0350.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.084323472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.007537683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.142615148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.394814585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3603tight positional0.040.05
12B3603tight positional0.040.05
13E3603tight positional0.040.05
14H3603tight positional0.040.05
15K3603tight positional0.040.05
16O3603tight positional0.040.05
17R3603tight positional0.040.05
18V3603tight positional0.040.05
21I989tight positional0.030.05
22C989tight positional0.030.05
23F989tight positional0.040.05
24J989tight positional0.030.05
25P989tight positional0.030.05
26T989tight positional0.040.05
27M989tight positional0.040.05
28W989tight positional0.040.05
11A3603tight thermal0.140.5
12B3603tight thermal0.140.5
13E3603tight thermal0.140.5
14H3603tight thermal0.150.5
15K3603tight thermal0.140.5
16O3603tight thermal0.140.5
17R3603tight thermal0.140.5
18V3603tight thermal0.150.5
21I989tight thermal0.110.5
22C989tight thermal0.110.5
23F989tight thermal0.110.5
24J989tight thermal0.120.5
25P989tight thermal0.110.5
26T989tight thermal0.120.5
27M989tight thermal0.110.5
28W989tight thermal0.130.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.249 679
Rwork0.212 13878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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