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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uxy | ||||||
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タイトル | MURB MUTANT WITH SER 229 REPLACED BY ALA, COMPLEX WITH ENOLPYRUVYL-UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE | ||||||
![]() | URIDINE DIPHOSPHO-N-ACETYLENOLPYRUVYLGLUCOSAMINE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / CELL DIVISION / NADP / FLAVOPROTEIN / FAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benson, T.E. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structures of the S229A mutant and wild-type MurB in the presence of the substrate enolpyruvyl-UDP-N-acetylglucosamine at 1.8-A resolution. 著者: Benson, T.E. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. #1: ![]() タイトル: Kinetic Characterization of Wild-Type and S229A Mutant Murb: Evidence for the Role of Ser 229 as a General Acid 著者: Benson, T.E. / Walsh, C.T. / Massey, V. #2: ![]() タイトル: An Enzyme-Substrate Complex Involved in Bacterial Cell Wall Biosynthesis 著者: Benson, T.E. / Filman, D.J. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. #3: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of Udp-N-Acetyl Enolpyruvylglucosamine Reductase 著者: Benson, T.E. / Walsh, C.T. / Hogle, J.M. #4: ![]() タイトル: Overexpression, Purification, and Mechanistic Study of Udp-N-Acetylenolpyruvylglucosamine Reductase 著者: Benson, T.E. / Marquardt, J.L. / Marquardt, A.C. / Etzkorn, F.A. / Walsh, C.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 547 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 556 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37630.613 Da / 分子数: 1 / 変異: S229A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-EPU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 29142 / % possible obs: 92.9 % |
反射 | *PLUS 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 79.6 % / 冗長度: 4.4 % / Num. unique obs: 3066 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 8.13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.34 |