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万見
- PDB-1ux9: Mapping protein matrix cavities in human cytoglobin through Xe at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ux9
タイトルMapping protein matrix cavities in human cytoglobin through Xe atom binding: a crystallographic investigation
要素CYTOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEME (ヘム) / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity ...Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With NADH or NADPH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into the other donor / fatty acid peroxidase activity / nitric oxide dioxygenase activity, heme protein as donor / negative regulation of hepatic stellate cell activation / Intracellular oxygen transport / nitric oxide catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / carbon monoxide binding / negative regulation of fibroblast migration / catalase activity / スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / Β酸化 / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 血液 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / eNOS activation / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / response to hypoxia / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / heme binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXACYANOFERRATE(3-) / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / キセノン / Cytoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者De Sanctis, D. / Dewilde, S. / Pesce, A. / Moens, L. / Ascenzi, P. / Hankeln, T. / Burmester, T. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Mapping Protein Matrix Cavities in Human Cytoglobin Through Xe Atom Binding
著者: De Sanctis, D. / Dewilde, S. / Pesce, A. / Moens, L. / Ascenzi, P. / Hankeln, T. / Burmester, T. / Bolognesi, M.
履歴
登録2004年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOGLOBIN
B: CYTOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,37913
ポリマ－42,8032
非ポリマー2,57611
水66737
1
A: CYTOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7557
ポリマ－21,4011
非ポリマー1,3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6246
ポリマ－21,4011
非ポリマー1,2225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.840, 70.520, 98.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98863, 0.12126, -0.08888), (0.13156, 0.41157, -0.90183), (-0.07277, -0.90328, -0.42284)
ベクター: 41.31231, 29.52729, 51.51895)

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要素

#1: タンパク質 CYTOGLOBIN / / HISTOGLOBIN / HGB / STELLATE CELL ACTIVATION-ASSOCIATED-PROTEIN / CYGB / STAP


分子量: 21401.484 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWM9
#2: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, CYS 38 TO SER 38 ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, CYS 83 TO SER 83 ...ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, CYS 38 TO SER 38 ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A, CYS 83 TO SER 83 ENGINEERED MUTATION IN CHAIN B, CYS 38 TO SER 38 ENGINEERED MUTATION IN CHAIN B, CYS 83 TO SER 83

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器日付: 2003年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 22810 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.8 Å / SU B: 8.078 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: TLS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23804 664 5 %RANDOM
Rwork0.19163 ---
obs0.19391 12724 98.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2464 0 119 37 2620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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