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万見
- PDB-1uvj: The structural basis for RNA specificity and Ca2 inhibition of an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uvj
タイトルThe structural basis for RNA specificity and Ca2 inhibition of an RNA-dependent RNA polymerase phi6p2 with 7nt RNA
要素
  • 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
  • RNA-directed RNA polymerase
キーワードPOLYMERASE / POLYMERASE-COMPLEX / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / OLIGONUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like ...Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Salgado, P.S. / Makeyev, E.V. / Butcher, S. / Bamford, D. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The structural basis for RNA specificity and Ca2+ inhibition of an RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Salgado, P.S. / Makeyev, E.V. / Butcher, S.J. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
履歴
登録2004年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
C: RNA-directed RNA polymerase
D: 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
E: 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
F: 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,1639
ポリマ－230,9986
非ポリマー1653
水10,881604
1
A: RNA-directed RNA polymerase
D: 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0543
ポリマ－76,9992
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RNA-directed RNA polymerase
E: 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0543
ポリマ－76,9992
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: RNA-directed RNA polymerase
F: 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0543
ポリマ－76,9992
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.062, 93.510, 140.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.12605, -0.73008, -0.67164), (-0.78933, -0.48391, 0.37787), (-0.60089, 0.48252, -0.63727)76.28954, 16.94423, 79.51358
2given(0.12605, -0.73008, -0.67164), (-0.78933, -0.48391, 0.37787), (-0.60089, 0.48252, -0.63727)76.28954, 16.94423, 79.51358
3given(0.12605, -0.73008, -0.67164), (-0.78933, -0.48391, 0.37787), (-0.60089, 0.48252, -0.63727)76.28954, 16.94423, 79.51358
4given(-0.16141, -0.75668, 0.63355), (0.77481, -0.49478, -0.39353), (0.61124, 0.42736, 0.66614)-59.38855, 6.76792, -27.90308
5given(-0.16141, -0.75668, 0.63355), (0.77481, -0.49478, -0.39353), (0.61124, 0.42736, 0.66614)-59.38855, 6.76792, -27.90308
6given(-0.16141, -0.75668, 0.63355), (0.77481, -0.49478, -0.39353), (0.61124, 0.42736, 0.66614)-59.38855, 6.76792, -27.90308
7given(-0.16141, -0.75668, 0.63355), (0.77481, -0.49478, -0.39353), (0.61124, 0.42736, 0.66614)-59.38855, 6.76792, -27.90308
詳細THE POLYMERASE IS A MONOMER IN SOLUTION, BUT SINCEIT IS IN COMPLEX WITH RNA IN THIS ENTRY, THE OLIGOMERIS ANNOTATED AS A DIMER

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / Protein P2


分子量: 74903.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
遺伝子: P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11124, RNA-directed RNA polymerase
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*CP*CP)-3'


分子量: 2096.235 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMMERCIALLY SUPPLIED BY OSWELL LTD / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID, WHICH IS RESPONSIBLE FOR ...P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID, WHICH IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC REPLICATION AND TRANSCRIPTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化pH: 7.3
詳細: 100MM HEPES PH7.3, 13% PEG 20000, 2MM MNCL2, 2% EG, 0.036MG PROTEIN INCUBATED WITH 0.006MM 7NT RNA, pH 7.30
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Butcher, S.J., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, D56, 1473.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
210 %PEG80001reservoir
30.1 MMES1reservoirpH6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 209435 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 209896 / Num. measured all: 1733793 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HHS

1hhs


解像度: 1.9→18.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2603739.23 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. 7NT RNA OLIGO WAS CRYSTALIZED, ONLY 4NT TRACEABLE IN ED MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 10430 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 209435 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44 Å2 / ksol: 0.382795 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.88 Å20 Å2-4.16 Å2
2--10.87 Å20 Å2
3----8.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15795 231 3 604 16633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.533
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.254
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it44
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.315
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 1740 5 %
Rwork0.339 32929 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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