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- PDB-1uvg: Solution structure of the 15th Domain of LEKTI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uvg
タイトルSolution structure of the 15th Domain of LEKTI
要素SERINE PROTEINASE INHIBITOR KAZAL TYPE 5
キーワードSERINE PROTEINASE INHIBITOR / TRYPSIN INHIBITOR / KAZAL / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / negative regulation of immune response / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / epithelial cell differentiation ...negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / negative regulation of immune response / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / epithelial cell differentiation / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / central nervous system development / negative regulation of proteolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell cortex / cell differentiation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease inhibitor Kazal-type 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Vitzithum, K. / Roesch, P. / Marx, U.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: The Solution Structure of a Chimeric Lekti Domain Reveals a Chameleon Sequence
著者: Tidow, H. / Lauber, T. / Vitzithum, K. / Sommerhoff, C. / Roesch, P. / Marx, U.C.
履歴
登録2004年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEINASE INHIBITOR KAZAL TYPE 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5861
ポリマ－8,5861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 200LOWEST ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEINASE INHIBITOR KAZAL TYPE 5 / LYMPHO-EPITHELIAL / KAZAL-TYPE RELATED INHIBITOR / LEKTI


分子量: 8585.635 Da / 分子数: 1 / 断片: LEKTI-DOMAIN15, RESIDUES 989-1064 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DISULPHIDE BONDS BETWEEN CYS5 AND CYS40, BETWEEN CYS18 AND CYS37, BETWEEN CYS26 AND CYS58
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: VAGINAL EPITHEL / プラスミド: PET32-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9NQ38
構成要素の詳細FUNCTION: SERINE PROTEASE INHIBITOR, PROBABLY IMPORTANT FOR THE ANTI-INFLAMMATORY AND/OR ...FUNCTION: SERINE PROTEASE INHIBITOR, PROBABLY IMPORTANT FOR THE ANTI-INFLAMMATORY AND/OR ANTIMICROBIAL PROTECTION OF MUCOUS EPITHELIA.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
2212D-TOCSY
3312D-COESY
4411H
45115N-HSQC
561HNHA
6713D-1H
6811H
69115N-NOESY-HSQC
71013D-1H
71111H
712115N-TOCSY-HSQC
81313D-1H
814115N
815115N-HMQC-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD NMR-TECHNIQUES ON 15N-LABELED AND UNLABELED PROTEIN

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)Pressure unitsTemperature units
120 mM6.4 1 atm298 K
2100 mM4.0 atmK

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8.51BRUNGER精密化
NDEE構造決定
NMRView5.01.4構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SIMULATED ANNEALING
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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