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万見
- PDB-1uur: Structure of an activated Dictyostelium STAT in its DNA-unbound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uur
タイトルStructure of an activated Dictyostelium STAT in its DNA-unbound form
要素STATA PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / DICTYOSTELIUM / STAT / SH2 / SIGNAL TRANSDUCTION / TRANSDUCER / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-6 signaling / Signaling by ALK / STAT6-mediated induction of chemokines / Interleukin-10 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interferon gamma signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-9 signaling ...Interleukin-6 signaling / Signaling by ALK / STAT6-mediated induction of chemokines / Interleukin-10 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interferon gamma signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-37 signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / Interleukin-27 signaling / Interferon alpha/beta signaling / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / sorocarp stalk cell differentiation / ISG15 antiviral mechanism / sorocarp development / cell surface receptor signaling pathway via STAT / culmination involved in sorocarp development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / defense response / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
STAT transcription factor homologue, coiled coil / STATa immunoglobulin-like domain / STAT, EF-hand fold domain / Dictyostelium STAT, coiled coil / EF-hand fold domain / STATa Immunoglobulin-like domain / STAT; domain 1 / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil ...STAT transcription factor homologue, coiled coil / STATa immunoglobulin-like domain / STAT, EF-hand fold domain / Dictyostelium STAT, coiled coil / EF-hand fold domain / STATa Immunoglobulin-like domain / STAT; domain 1 / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription A
類似検索 - 構成要素
生物種DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Soler-Lopez, M. / Petosa, C. / Fukuzawa, M. / Ravelli, R. / Williams, J.G. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of an Activated Dictyostelium Stat in its DNA-Unbound Form
著者: Soler-Lopez, M. / Petosa, C. / Fukuzawa, M. / Ravelli, R. / Williams, J.G. / Muller, C.W.
履歴
登録2004年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STATA PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3771
ポリマ－53,3771
非ポリマー00
水72140
1
A: STATA PROTEIN

A: STATA PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7532
ポリマ－106,7532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-15.19 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.600, 144.000, 67.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 STATA PROTEIN / STAT PROTEIN


分子量: 53376.727 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 235-707 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TKB1 / 参照: UniProt: O00910
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.745 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1250 mM1dropNaCl
220 mMHEPES1droppH7.5
30.2 mMPMSF1drop
45 mMdithiothreitol1drop
56-7 mg/mlprotein1drop
6150 mMmagnesium acetate1reservoir
7200 mMammonium acetate1reservoir
850 mMHEPES1reservoirpH7.
95 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.072
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 15971 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 75.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2420537 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 354-358 WERE MODELED AS POLYGLYCINE, RESIDUES 416-420 WERE OMITTED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 792 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 15971 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.7336 Å2 / ksol: 0.319626 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.28 Å20 Å20 Å2
2---34.02 Å20 Å2
3---3.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 0 0 40 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.611.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 123 5.7 %
Rwork0.38 2052 -
obs--80.4 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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