[日本語] English
万見
- PDB-1uuc: solution structure of a chimeric LEKTI-domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uuc
タイトルsolution structure of a chimeric LEKTI-domain
要素SERINE PROTEASE INHIBITOR KAZAL-TYPE 5
キーワードSERINE PROTEINASE INHIBITOR / PROTEASE / CHAMELEON SEQUENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / negative regulation of immune response / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / epithelial cell differentiation ...negative regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / regulation of timing of anagen / epidermal cell differentiation / hair cell differentiation / Formation of the cornified envelope / negative regulation of immune response / regulation of T cell differentiation / regulation of cell adhesion / epithelial cell differentiation / extracellular matrix organization / negative regulation of angiogenesis / central nervous system development / negative regulation of proteolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell cortex / cell differentiation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease inhibitor Kazal-type 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tidow, H. / Lauber, T. / Roesch, P. / Marx, U.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: The Solution Structure of a Chimeric Lekti Domain Reveals a Chameleon Sequence
著者: Tidow, H. / Lauber, T. / Vitzithum, K. / Sommerhoff, C. / Roesch, P. / Marx, U.C.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEASE INHIBITOR KAZAL-TYPE 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4081
ポリマ－6,4081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 160LOWEST ENERGY; LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEASE INHIBITOR KAZAL-TYPE 5 / SERINE PROTEINASE INHIBITOR LEKTI / LEKTI / LYMPHO-EPITHELIAL KAZAL-TYPE RELATED INHIBITOR / ...SERINE PROTEINASE INHIBITOR LEKTI / LEKTI / LYMPHO-EPITHELIAL KAZAL-TYPE RELATED INHIBITOR / CONTAINS HEMOFILTRATE PEPTIDE HF6478 / HEMOFILTRATE PEPTIDE HF7665


分子量: 6407.543 Da / 分子数: 1
断片: CHIMERIC PROTEIN OF LEKTI DOMAIN ONE, RESIDUES 23-77
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DISULFIDE BONDS BETWEEN CYS 8 AND CYS 44, BETWEEN CYS 22 AND CYS 41
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: I.E. VAGINAL EPITHELIUM / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9NQ38
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A PRO 28 FROM PHE ENGINEERED MUTATION IN CHAIN A ILE 29 FROM PHE
配列の詳細THE LEKTI SEQUENCE PROVIDED BY SWISSPROT DIFFERS FROM THAT GIVEN IN THE ORIGINAL PAPER BY MAEGERT ...THE LEKTI SEQUENCE PROVIDED BY SWISSPROT DIFFERS FROM THAT GIVEN IN THE ORIGINAL PAPER BY MAEGERT ET AL., 1999. IN THIS ENTRY THE SEQUENCE REFERS TO THE ORIGINAL PAPER AND IS ALSO IDENTICAL (EXCEPT FOR THE TWO MUTATIONS AT POSITIONS 28 AND 29) TO THAT OF LEKTI DOMAIN ONE (HF6478, PDB-CODE 1HDL) AS ISOLATED FROM HUMAN BLOOD FILTRATE (REFERENCES: MAGERT ET AL., 1999, J. BIOL. CHEM. 274, 21499-21502. LAUBER ET AL.,2001, PROTEIN EXPR. PURIF. 22, 108-112; LAUBER ET AL., 2003, J. MOL. BIOL., 328, 205-219.) THUS, THE SEQUENCE IN THIS ENTRY REFERS TO RESIDUES 23 TO 77 OF FULL-LENGTH LEKTI.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-TOCSY
1212D-COSY
1312D-NOESY
1411H
15115N-HSQC
161HNHA
1713D-1H
18115N-TOCSY-HSQC
1913D-1H
110115N-NOESY-HSQC
11113D-1H
112115N
113115N-HMQC-NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD NMR-TECHNIQUES ON 15N-LABELED AND UNLABELED PROTEIN

-
試料調製

試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8.5.1BRUNGER精密化
NDEE; NMRVIEW5.1.4構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SIMULATED ANNEALING
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY; LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 160 / 登録したコンフォーマーの数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る