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- PDB-1utx: Regulation of Cytolysin Expression by Enterococcus faecalis: Role... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1utx
タイトルRegulation of Cytolysin Expression by Enterococcus faecalis: Role of CylR2
要素CYLR2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / REGULATION OF CYTOLYSIN OPERON / HELIX-TURN-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / CylR2
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Razeto, A. / Rumpel, S. / Pillar, C.M. / Gilmore, M.S. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure and DNA-Binding Properties of the Cytolysin Regulator CylR2 from Enterococcus Faecalis
著者: Rumpel, S. / Razeto, A. / Pillar, C.M. / Vijayan, V. / Taylor, A. / Giller, K. / Gilmore, M.S. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
履歴
登録2003年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYLR2
B: CYLR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,61512
ポリマ－15,4502
非ポリマー1,16510
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.679, 63.679, 41.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.721, -0.212, 0.659), (-0.213, -0.838, -0.502), (0.659, -0.502, 0.56)
ベクター: 42.92585, 18.76443, -11.67423)

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要素

#1: タンパク質 CYLR2


分子量: 7724.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: FA2-2(PAM714) / 解説: DSM 20478, NCDO 581, NCIB 775, NCTC 775 / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VL32
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化pH: 7
詳細: SALTING-IN BY DIALYSIS AGAINST 0.2 M NAI, 10 % GLYCEROL, 50 MM HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月15日 / 詳細: COSMIC MIRRORS CMF12-38CU6
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 13086 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.982 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 651 5 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.155 13208 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1071 0 10 193 1274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9811475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81232392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8575130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1210.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3840.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3330.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7251.5664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32721078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0283426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2844.5397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 42
Rwork0.22 896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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