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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ute | |||||||||
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タイトル | PIG PURPLE ACID PHOSPHATASE COMPLEXED WITH PHOSPHATE | |||||||||
要素 | PROTEIN (II PURPLE ACID PHOSPHATASE) | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / PURPLE ACID PHOSPHATASE / TARTRATE RESISTANT ACID PHOSPHATASE / METALLOENZYME / UTEROFERRIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / acid phosphatase / acid phosphatase activity / bone resorption / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Guddat, L.W. / Mcalpine, A. / Hume, D. / Hamilton, S. / De Jersey, J. / Martin, J.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of mammalian purple acid phosphatase. 著者: Guddat, L.W. / McAlpine, A.S. / Hume, D. / Hamilton, S. / de Jersey, J. / Martin, J.L. #1: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of a Purple Acid Phosphatase Containing a Dinuclear Fe(III)- Zn(II) Active Site 著者: Strater, N. / Klabunde, T. / Tucker, P. / Witzel, H. / Krebs, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ute.cif.gz | 82.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ute.ent.gz | 60.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ute.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ute_validation.pdf.gz | 767.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ute_full_validation.pdf.gz | 772 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ute_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ute_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ute ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ute | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35154.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: PO4 PHOSPHATE FE+3 BINUCLEAR METAL CENTRE OXO OXYGEN BRIDGE BETWEEN TWO FE+3. IPA ISOPROPANOL 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / Secretion: UTERUS / 参照: UniProt: P09889, acid phosphatase |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 342分子
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-FEO / |
#5: 化合物 | ChemComp-IPA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 25% (W/V) PEG3350, 0.1 M LICL, 5% (V/V)ISOPROPANOL, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.0. PROTEIN CONCENTRATION 38 MG/ML. PROTEIN CONCENTRATION 38MG/ML. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 140370 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 57 |
反射 | *PLUS Num. obs: 46161 / Num. measured all: 140370 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 57.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.55→100 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.62 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.354 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.324 |