PDB-1ut3: Solution Structure of Spheniscin-2, a beta-Defensin from Penguin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ut3

タイトル

Solution Structure of Spheniscin-2, a beta-Defensin from Penguin Stomach Preserving Food

要素

SPHENISCIN-2

キーワード

ANTIBIOTIC / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / PENGUIN / DEFENSIN / GASTROINTESTINAL IMMUNITY / FUNGICIDE

機能・相同性

Beta defensin type / Beta defensin / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Spheniscin-2

機能・相同性情報

生物種

APTENODYTES PATAGONICUS (オウサマペンギン)

手法

溶液NMR

データ登録者

Landon, C. / Labbe, H. / Thouzeau, C. / Bulet, P. / Vovelle, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of Spheniscin, a {Beta}-Defensin from the Penguin Stomach
著者: Landon, C. / Thouzeau, C. / Labbe, H. / Bulet, P. / Vovelle, F.

履歴

登録	2003年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ut3.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ut3.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ut3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ut3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/1ut3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kgu-d 2lb3-d 5wia-1 1x32-d 3trv-1 5wlx-d 1pjv-d 2sh1-d 1d1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPHENISCIN-2

4.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	LOWEST ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	SPHENISCIN-2 / SPHE-2 / PBD-2 分子量: 4517.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE STUDIES ON THE KING PENGUINS WERE CARRIED OUT ON POSSESSION ISLAND, CROZET ARCHIPELAGO. 由来: (合成) APTENODYTES PATAGONICUS (オウサマペンギン) 参照: UniProt: P83430
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D-1H-COSY
1	2	1	2D-1H-TOCSY
1	3	1	2D-1H-NOESY

-
試料調製

試料状態	pH: 4.3 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
ARIA1.1/CNS1.1	LINGE	精密化
ARIA/CNS		構造決定

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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