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万見
- PDB-1usy: ATP phosphoribosyl transferase (HisG:HisZ) complex from Thermotog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1usy
タイトルATP phosphoribosyl transferase (HisG:HisZ) complex from Thermotoga maritima
要素
  • (ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY ...) x 2
  • (ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE) x 2
キーワードTRANSFERASE / ATP PHOSPHORIBOSYL TRANSFERASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase HisG, short form / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase ...ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase HisG, short form / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / PHOSPHATE ION / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Vega, M.C. / Fernandez, F.J. / Murphy, G.E. / Zou, P. / Popov, A. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: Regulation of the Hetero-Octameric ATP Phosphoribosyl Transferase Complex from Thermotoga Maritima by a tRNA Synthetase-Like Subunit.
著者: Vega, M.C. / Zou, P. / Fernandez, F.J. / Murphy, G.E. / Sterner, R. / Popov, A. / Wilmanns, M.
履歴
登録2003年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年12月25日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.32014年9月10日Group: Database references / Other
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY SUBUNIT
B: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY SUBUNIT
C: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY SUBUNIT
D: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY SUBUNIT
E: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
F: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
G: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
H: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,33122
ポリマ－219,5128
非ポリマー1,81914
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25400 Å2
ΔGint-165.7 kcal/mol
Surface area79810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.580, 134.403, 154.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY ... , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY SUBUNIT


分子量: 31326.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9X0D3
#2: タンパク質 ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE REGULATORY SUBUNIT


分子量: 31354.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9X0D3

-
タンパク質 , 2種, 4分子 EFGH

#3: タンパク質 ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 23544.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9X0D2, ATP phosphoribosyltransferase
#4: タンパク質 ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 23544.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9X0D2, ATP phosphoribosyltransferase

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非ポリマー , 3種, 288分子

#5: 化合物
ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化pH: 4.2 / 詳細: pH 4.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9788
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 52743 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.44
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 6.86 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.52→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 11.84 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.05 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 3524 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.207 66055 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15244 0 118 274 15636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02215548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7981.97720972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96151893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.22386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.2850.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2730.27248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3320.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.41759492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.165615429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.37766056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4027.55543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.58 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.393 249
Rwork0.27 4322
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.54751.35060.54291.8653-0.11391.2213-0.13470.0109-0.3846-0.13240.1352-0.11370.12190.1292-0.00060.16350.05370.02620.16810.05580.1022-9.881931.1545-14.7761
23.39671.7937-0.09492.08490.4680.9184-0.07560.19830.3679-0.22570.06280.1264-0.1547-0.18250.01280.18530.0682-0.05280.1467-0.00180.165313.896567.4947-12.9059
32.2225-0.9138-0.31981.9868-0.47011.2795-0.0336-0.29460.19750.22140.0523-0.0959-0.15370.1422-0.01870.1735-0.04420.00820.1397-0.00190.0264-3.589263.9379-66.4752
43.2978-1.63690.69553.30360.45180.83520.041-0.1538-0.29440.14280.15650.08460.1748-0.0844-0.19750.236-0.0368-0.01950.20050.03870.054819.501627.5315-59.5549
51.958-0.1275-0.74451.67151.20567.12090.11020.043-0.09620.14410.0117-0.19620.14870.1629-0.12190.1514-0.0191-0.04440.0797-0.07120.209639.415936.1409-38.6751
60.88640.29950.51061.5288-0.4357.4835-0.06-0.00990.05930.17890.00480.0129-0.2248-0.23670.05530.14320.02320.03710.07070.03480.2384-28.394359.2379-48.6572
72.05280.1453-1.50361.4237-0.06476.932-0.11070.0385-0.0721-0.1820.02450.06760.0758-0.10440.08610.0701-0.0072-0.04080.00710.03730.1961-29.67536.6608-36.9507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5F1 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6G1 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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