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- PDB-1usq: Complex of E. Coli DraE adhesin with Chloramphenicol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1usq
タイトルComplex of E. Coli DraE adhesin with Chloramphenicol
要素DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
キーワードADHESIN / DRAE / FIMBRIAL ADHESIN / CHLORAMPHENICOL / UPEC / DAEC
機能・相同性
機能・相同性情報


Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / Dr hemagglutinin structural subunit
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Roversi, P. / Simpson, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Dumerle, L. / Barlow, P. ...Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Roversi, P. / Simpson, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Dumerle, L. / Barlow, P. / Medof, E. / Smith, R.A.G. / Nowicki, B. / Le Bouguenec, C. / Lea, S.M. / Matthews, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High Resolution Studies of the Afa/Dr Adhesin Drae and its Interaction with Chloramphenicol
著者: Pettigrew, D. / Anderson, K.L. / Billington, J. / Cota, E. / Simpson, P. / Urvil, P. / Rabuzin, F. / Roversi, P. / Nowicki, B. / Du Merle, L. / Le Bouguenec, C. / Matthews, S. / Lea, S.M.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: An Atomic Resolution Model for Assmebly, Architecture,and Function of the Dr Adhesins
著者: Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Simpson, P. / Roversi, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A.G. / Nowicki, B. / Le ...著者: Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Simpson, P. / Roversi, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A.G. / Nowicki, B. / Le Bouguenec, C. / Lea, S.M. / Matthews, S.
履歴
登録2003年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,98537
ポリマ－97,0196
非ポリマー3,96631
水12,791710
1
A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,71621
ポリマ－48,5103
非ポリマー2,20618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
2
B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,42818
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,91815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
3
C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,42818
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,91815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
4
D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

D: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,53018
ポリマ－48,5103
非ポリマー2,02015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
手法PQS
5
E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

E: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,42818
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,91815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
手法PQS
6
F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子

F: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,42818
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,91815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.969, 118.969, 57.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.50111, 0.86537, -0.00541), (-0.86538, -0.5011, 0.00269), (-0.00039, 0.00603, 0.99998)0.06384, 68.71037, -3.67905
2given(-0.37085, -0.92862, -0.01147), (0.92864, -0.37093, 0.00595), (-0.00978, -0.00845, 0.99992)59.50617, 34.36259, -1.05185
3given(-0.99745, 0.07115, -0.00525), (0.07111, 0.99744, 0.00812), (0.00581, 0.00773, -0.99995)116.5445, -4.5186, 29.28418
4given(0.55986, -0.82858, -0.00128), (-0.82858, -0.55987, 0.00236), (-0.00267, -0.00026, -1)-7.10494, 132.77824, 31.45149
5given(0.55521, 0.83167, -0.00822), (0.8317, -0.55513, 0.01046), (0.00414, -0.01265, -0.99991)-63.35427, -26.87984, 33.52893
詳細THERE ARE SIX TRIMERS IN THE CRYSTAL CELL , EACH LINKEDINTERNALLY BY 3 INTERMOLECULAR DISULPHIDE BONDS OF THEMONOMER WITH TWO OF ITS THREEFOLD-RELATED COPIES

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要素

#1: タンパク質
DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT / ADHESIN / DRAE


分子量: 16169.844 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH CHLORAMPHENICOL / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: IH11128 / 解説: 6-HIS-TAGGED / Variant: O75\:K5\:H- / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P24093
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, GLY 21 TO ALA 21 ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, SER 22 TO ...ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, GLY 21 TO ALA 21 ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, SER 22 TO GLY 22 ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, GLU 39 TO LYS 39
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: 20% EGL AS CRYOPROTECTANT
結晶化pH: 7
詳細: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE 0.1M TRIS-HCL PH 7.0, 2.8 MM CHLORAMPHENICOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 71543 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 0.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5E精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1USZ

1usz


解像度: 1.9→15 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD BUSTER-TNT REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3560 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.193 71513 --
obs0.193 71513 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 55 Å2 / ksol: 0.47 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6309 0 234 710 7253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00866642
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.84790523
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.86337840
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0122072
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.029475
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.301673620
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0693032
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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