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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1usq | ||||||
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タイトル | Complex of E. Coli DraE adhesin with Chloramphenicol | ||||||
要素 | DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT | ||||||
キーワード | ADHESIN / DRAE / FIMBRIAL ADHESIN / CHLORAMPHENICOL / UPEC / DAEC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Roversi, P. / Simpson, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Dumerle, L. / Barlow, P. ...Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Roversi, P. / Simpson, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Dumerle, L. / Barlow, P. / Medof, E. / Smith, R.A.G. / Nowicki, B. / Le Bouguenec, C. / Lea, S.M. / Matthews, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: High Resolution Studies of the Afa/Dr Adhesin Drae and its Interaction with Chloramphenicol 著者: Pettigrew, D. / Anderson, K.L. / Billington, J. / Cota, E. / Simpson, P. / Urvil, P. / Rabuzin, F. / Roversi, P. / Nowicki, B. / Du Merle, L. / Le Bouguenec, C. / Matthews, S. / Lea, S.M. #1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: An Atomic Resolution Model for Assmebly, Architecture,and Function of the Dr Adhesins 著者: Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Simpson, P. / Roversi, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A.G. / Nowicki, B. / Le ...著者: Anderson, K.L. / Billington, J. / Pettigrew, D. / Cota, E. / Simpson, P. / Roversi, P. / Chen, H.A. / Urvil, P. / Du Merle, L. / Barlow, P.N. / Medof, M.E. / Smith, R.A.G. / Nowicki, B. / Le Bouguenec, C. / Lea, S.M. / Matthews, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1usq.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1usq.ent.gz | 151.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1usq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1usq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1usq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THERE ARE SIX TRIMERS IN THE CRYSTAL CELL , EACH LINKEDINTERNALLY BY 3 INTERMOLECULAR DISULPHIDE BONDS OF THEMONOMER WITH TWO OF ITS THREEFOLD-RELATED COPIES |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16169.844 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH CHLORAMPHENICOL / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: IH11128 / 解説: 6-HIS-TAGGED / Variant: O75\:K5\:H- / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P24093 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CLM / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, GLY 21 TO ALA 21 ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A-F, SER 22 TO ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: 20% EGL AS CRYOPROTECTANT |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE 0.1M TRIS-HCL PH 7.0, 2.8 MM CHLORAMPHENICOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 71543 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 0.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1USZ 解像度: 1.9→15 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD BUSTER-TNT REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 55 Å2 / ksol: 0.47 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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