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- PDB-1uru: Amphiphysin BAR domain from Drosophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uru
タイトルAmphiphysin BAR domain from Drosophila
要素AMPHIPHYSIN
キーワードENDOCYTOSIS / COILED-COIL / MEMBRANE CURVATURE
機能・相同性
機能・相同性情報


rhabdomere membrane biogenesis / nephrocyte diaphragm assembly / lipid tube assembly / rhabdomere development / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / regulation of muscle contraction / exocytosis / cleavage furrow / phospholipid binding ...rhabdomere membrane biogenesis / nephrocyte diaphragm assembly / lipid tube assembly / rhabdomere development / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / regulation of muscle contraction / exocytosis / cleavage furrow / phospholipid binding / intracellular protein localization / cell cortex / lipid binding / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Evans, P.R. / Kent, H.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Bar Domains as Sensors of Membrane Curvature: The Amphiphysin Bar Structure
著者: Peter, B.J. / Kent, H.M. / Mills, I.G. / Vallis, Y. / Butler, J.G. / Evans, P.R. / Mcmahon, H.T.
履歴
登録2003年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / reflns_shell / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMPHIPHYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2691
ポリマ－28,2691
非ポリマー00
水66737
1
A: AMPHIPHYSIN

A: AMPHIPHYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5382
ポリマ－56,5382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.586, 49.586, 190.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2008-

HOH

21A-2017-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 AMPHIPHYSIN


分子量: 28269.152 Da / 分子数: 1 / 断片: BAR DOMAIN, RESIDUES 1-244 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEMET SUBSTITUTED
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
解説: GROWN IN MINIMAL MEDIUM + SEMET / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y092, UniProt: Q7KLE5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 2.5MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 18% PEG4000, 200MM NACL, 1MM DTT, 20MM HEPES PH 7.4 MIXED WITH THE WELL SOLUTION 18% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.0. CRYSTALS WERE ...詳細: 2.5MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 18% PEG4000, 200MM NACL, 1MM DTT, 20MM HEPES PH 7.4 MIXED WITH THE WELL SOLUTION 18% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.0. CRYSTALS WERE EQUILIBRATED IN 20% GLYCEROL FOR COOLING TO 100K.
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
218 %PEG40001drop
3200 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
520 mMHEPES1drop
618 %PEG40001reservoir
70.2 Mammonium acetate1reservoir
8100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.94 Å / Num. obs: 8657 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 10.21 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 4.9102
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 9.29 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / % possible all: 86
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.01005 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.6→63.25 Å / SU B: 13.987 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.164 / ESU R Free: 0.402
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30636 867 10 %RANDOM
Rwork0.23649 ---
obs0.23405 7786 97.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.03 Å21.52 Å20 Å2
2--3.03 Å20 Å2
3----4.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→63.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1771 0 0 37 1808
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.23405 / Rfactor obs: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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