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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1urh | ||||||
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タイトル | The "Rhodanese" fold and catalytic mechanism of 3-mercaptopyruvate sulfotransferases: Crystal structure of SseA from Escherichia coli | ||||||
![]() | 3-MERCAPTOPYRUVATE SULFURTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SULFUR-TRANSFERASE / RHODANESE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / DNA protection / transsulfuration / response to oxidative stress / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Spallarossa, A. / Forlani, F. / Carpen, A. / Armirotti, A. / Pagani, S. / Bolognesi, M. / Bordo, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The "Rhodanese" Fold and Catalytic Mechanism of 3-Mercaptopyruvate Sulfurtransferases: Crystal Structure of Ssea from Escherichia Coli 著者: Spallarossa, A. / Forlani, F. / Carpen, A. / Armirotti, A. / Pagani, S. / Bolognesi, M. / Bordo, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rhsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30741.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RESIDUES A186-A189 AND B181-B191 ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P31142, 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase #2: 化合物 | ChemComp-SO3 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | 3-MERCAPTOPY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Spallarossa, A., (2003) Acta Cryst., D59, 168. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2002年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 21524 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 95.6 % / Num. measured all: 312079 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RHS 解像度: 2.8→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.447 / Rfactor Rwork: 0.385 |